| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,486,641 | G→A | L190L (TTG→TTA) | unknown → | Flp pilus assembly protein TadD, contains TPR repeat |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,486,641 | 0 | G | A | 100.0% | 132.8 / NA | 50 | L190L (TTG→TTA) | unknown | Flp pilus assembly protein TadD, contains TPR repeat |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (25/25); total (25/25) | |||||||||||
TTAAATCAACTCAAGCGCTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCCAAAAACGGGGAAGTTTATAATCTTCGTGGTGTGACTTATGCCTTAATGGGAAATCCTAATAAAGCCAACGAAGATATAAATAAAGCCCGCGAGTATTTTTTAAACGATGCTGTAGCGGTAAACAATCTTGCTATGCTAAGTATCGTCAACGGAGATTATCGTAATGCCGTTTCATTGTTATTACCTCAGTATTTAAATGGGGTTAGGGAACAGCGTTTAGTACACAATCTAATCTTTGCTTTAATCAAAAATAATGACATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAATACATCTCCTGATGATTTAATTAATGCTCTCAAAAAAACTGAACGCGTATCTAATAATATCGCCAGATAAAAAAAGGTTCTAT‑AATGAAAAAATTCCTATCGAATAAGAAGGGAGCATCAA > 1/1486399‑1486884 | ttAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCattattattgcc < 1:27851/251‑4 (MQ=255)ttAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCattattattgcc < 1:589520/251‑4 (MQ=255) acttaaGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCATtattat < 1:566666/235‑1 (MQ=255) acttaaGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCATTATTATTGCCTCAGTAtt > 1:266487/5‑251 (MQ=255) 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agaatATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCATTATTATTGCCTCAGTATTTAAATGGAGTTAGGGAACAGCGTTTGATACACAATCTAGTCTTTGCTTTAGTCAAGAATAACGAAATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAACACATCCCCTGATGATTTAGTTAATGCCCTCaagaaaa > 1:358053/5‑248 (MQ=255) gaatATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCATTATTATTGCCTCAGTATTTAAATGGAGTTAGGGAACAGCGTTTGATACACAATCTAGTCTTTGCTTTAGTCAAGAATAACGAAATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTaacac > 1:33921/4‑209 (MQ=255) atgcagtggcagtaaataatatggctatgctaAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCATTATTATTGCCTCAGTATTTAAATGGAGTTAGGGAACAGCGTTTGATACACAATCTAGTCTTTGCTTTAGTCAAGAATAACGAAATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAACACATCCCCTGATGATTTAGTTAATGCCCTCAAGAAAACTGAACGCGTGTCtagtaa < 1:567661/227‑1 (MQ=255) 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TTAAATCAACTCAAGCGCTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCCAAAAACGGGGAAGTTTATAATCTTCGTGGTGTGACTTATGCCTTAATGGGAAATCCTAATAAAGCCAACGAAGATATAAATAAAGCCCGCGAGTATTTTTTAAACGATGCTGTAGCGGTAAACAATCTTGCTATGCTAAGTATCGTCAACGGAGATTATCGTAATGCCGTTTCATTGTTATTACCTCAGTATTTAAATGGGGTTAGGGAACAGCGTTTAGTACACAATCTAATCTTTGCTTTAATCAAAAATAATGACATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAATACATCTCCTGATGATTTAATTAATGCTCTCAAAAAAACTGAACGCGTATCTAATAATATCGCCAGATAAAAAAAGGTTCTAT‑AATGAAAAAATTCCTATCGAATAAGAAGGGAGCATCAA > 1/1486399‑1486884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |