| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,486,557 | G→A | E162E (GAG→GAA) | unknown → | Flp pilus assembly protein TadD, contains TPR repeat |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,486,557 | 0 | G | A | 98.3% | 158.6 / NA | 58 | E162E (GAG→GAA) | unknown | Flp pilus assembly protein TadD, contains TPR repeat |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (23/34); minor base T (0/1); total (23/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTCATCTCTACTCTATTTACAGCCGTTGCTAACAAACAGTGGGCAGTTAAGTGAAAAGGCCAAAGTTCTACAAGCAAGAAATTTAAATCAACTCAAGCGCTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCCAAAAACGGGGAAGTTTATAATCTTCGTGGTGTGACTTATGCCTTAATGGGAAATCCTAATAAAGCCAACGAAGATATAAATAAAGCCCGCGAGTATTTTTTAAACGATGCTGTAGCGGTAAACAATCTTGCTATGCTAAGTATCGTCAACGGAGATTATCGTAATGCCGTTTCATTGTTATTACCTCAGTATTTAAATGGGGTTAGGGAACAGCGTTTAGTACACAATCTAATCTTTGCTTTAATCAAAAATAATGACATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAATACATCTCCTGATGATTTAATTAA > 1/1486316‑1486787 | gttCATCTCTACTCTACTTACAGCCGTTGCTAACAAACAGCGGGCAGTTAAGTGAAAGGGCCAAAATTCTACAAGCACGAAATTTAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTa > 1:627529/2‑251 (MQ=255) 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ctactctactTACAGCCGTTGCTAACAAACAGCGGGCAGTTAAGTGAAAGGGCCAAAATTCTACAAGCACGAAATTTAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTaaatg < 1:590627/247‑3 (MQ=255) ctactctactTACAGCCGTTGCTAACAAACAGCGGGCAGTTAAGTGAAAGGGCCAAAATTCTACAAGCACGAAATTTAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAatgatg > 1:671526/1‑250 (MQ=255) actctaCTTACAGCCGTTGCTAACAAACAGCGGGCAGTTAAGTGAAAGGGCCAAAATTCTACAAGCACGAAATTTAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGcag < 1:173912/251‑3 (MQ=255) 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ggCAGTTAAGTGAAAGGGCCAAAATTCTACAAGCACGAAATTTAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTAt < 1:625293/250‑1 (MQ=255) gTTAAGTGAAAGGGCCAAAATTCTACAAGCACGAAATTTAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAaataatatggct > 1:362741/1‑229 (MQ=255) gTTAAGTGAAAGGGCCAAAATTCTACAAGCACGAAATTTAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATcatta > 1:535635/1‑247 (MQ=255) 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ttAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCattattattgcc < 1:589520/251‑4 (MQ=255) ttAAATCAACTTAAGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATGGCTATGCTAAGTATCATTAATGGAGATTATCGTAATGCTGTTTCattattattgcc < 1:27851/251‑4 (MQ=255) acttaaGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAaataatatggcta < 1:270611/187‑8 (MQ=255) acttaaGCGTTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCTAAAAACGGTGAAGTCTATAATCTTCGTGGTGTAACCTATGCTTTAATGGGCAATCCAAATAAAGCGAACGAAGATATTAACAAAGCACGAGAATATTTCTTAAATGATGCAGTGGCAGTAAATAATATggctatgct < 1:585531/191‑1 (MQ=255) 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ATTCATCTCTACTCTATTTACAGCCGTTGCTAACAAACAGTGGGCAGTTAAGTGAAAAGGCCAAAGTTCTACAAGCAAGAAATTTAAATCAACTCAAGCGCTATCAAGAAGCGTTGGAAGTCGAAAACAGCTTATTAACAACATCTCCCAAAAACGGGGAAGTTTATAATCTTCGTGGTGTGACTTATGCCTTAATGGGAAATCCTAATAAAGCCAACGAAGATATAAATAAAGCCCGCGAGTATTTTTTAAACGATGCTGTAGCGGTAAACAATCTTGCTATGCTAAGTATCGTCAACGGAGATTATCGTAATGCCGTTTCATTGTTATTACCTCAGTATTTAAATGGGGTTAGGGAACAGCGTTTAGTACACAATCTAATCTTTGCTTTAATCAAAAATAATGACATTGATTACGCAAAAGATATTATTGTGAAGGAAAACATTAATACATCTCCTGATGATTTAATTAA > 1/1486316‑1486787 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |