| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,486,043 | A→G | L276L (CTA→CTG) | unknown → | Type II/IV secretion system protein TadC, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,486,043 | 0 | A | G | 100.0% | 174.2 / NA | 62 | L276L (CTA→CTG) | unknown | Type II/IV secretion system protein TadC, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (36/26); total (36/26) | |||||||||||
GTCACAAGCATTACAGGATCTCTCTGTGTCTTTACCAACAACGGAAATCAGGATGTTTTGCACTGTAATGCAGCAAAGTCTGAATTTTGGTTCCTCTATTTATCATCAATTAATTCAACTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTAGCTATAGAAGAAAAGCTTGGTACGCTGTCAGCAAAAATGAGTATCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTAGCTCCAGGCGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTGTGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTCAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACTTTATCAGAGTACTAACAACAACGATGCGTTAATCACTATGTATCGTGATGGACTTAAAAATAAAGAAGATC > 1/1485803‑1486264 | gtcgcaggCATTGCAGGATCTCTCTGTGTCTTTACCAACAGCAGAAATCCGAATGTTTTGTACTGTAATGCAACAAAGCCTTAATTTTGGTTCCTCTATTTATCATCAACTAGTTCAGCTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAggtg > 1:504702/8‑249 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gCATTGCAGGATCTCTCTGTGTCTTTACCAACAGCAGAAATCCGAATGTTTTGTACTGTAATGCAACAAAGCCTTAATTTTGGTTCCTCTATTTATCATCAACTAGTTCAGCTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAg > 1:6919/1‑251 (MQ=255) gcAGGATCTCTCTGTGTCTTTACCAACAGCAGAAATCCGAATGTTTTGTACTGTAATGCAACAAAGCCTTAATTTTGGTTCCTCTATTTATCATCAACTAGTTCAGCTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTAt > 1:131174/2‑251 (MQ=255) gATCTCTCTGTGTCTTTACCAACAGCAGAAATCCGAATGTTTTGTACTGTAATGCAACAAAGCCTTAATTTTGGTTCCTCTATTTATCATCAACTAGTTCAGCTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTc < 1:800543/250‑1 (MQ=255) 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> 1:235578/1‑246 (MQ=255) aTTTATCATCAACTAGTTCAGCTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATa > 1:625426/1‑251 (MQ=255) tcatcaACTAGTTCAGCTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCt > 1:79154/1‑218 (MQ=255) tcatcaACTAGTTCAGCTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATaaaaaa > 1:255279/1‑251 (MQ=255) aactagttCAGCTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAggg < 1:722229/147‑1 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atatTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGCGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCt > 1:890744/1‑187 (MQ=255) aTTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCa > 1:484612/1‑250 (MQ=255) cAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTAt > 1:807077/1‑133 (MQ=255) cAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACttt > 1:9263/1‑251 (MQ=255) 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cccTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACTTTATCAGAGCACTAACAACAACGATGCGTTAATc > 1:833460/1‑230 (MQ=255) cTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACTTTATCag < 1:82055/201‑1 (MQ=255) aTTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACTTTATCAGAGCACTAACAACAACGATGCGTTAATCACTATGTATCGTGATGGACTTAAAAAt < 1:503693/250‑1 (MQ=255) cTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGt < 1:669373/157‑1 (MQ=255) 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GTCACAAGCATTACAGGATCTCTCTGTGTCTTTACCAACAACGGAAATCAGGATGTTTTGCACTGTAATGCAGCAAAGTCTGAATTTTGGTTCCTCTATTTATCATCAATTAATTCAACTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTAGCTATAGAAGAAAAGCTTGGTACGCTGTCAGCAAAAATGAGTATCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTAGCTCCAGGCGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTGTGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTCAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACTTTATCAGAGTACTAACAACAACGATGCGTTAATCACTATGTATCGTGATGGACTTAAAAATAAAGAAGATC > 1/1485803‑1486264 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |