| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,485,968 | G→A | K251K (AAG→AAA) | unknown → | Type II/IV secretion system protein TadC, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,485,968 | 0 | G | A | 100.0% | 201.7 / NA | 76 | K251K (AAG→AAA) | unknown | Type II/IV secretion system protein TadC, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (46/30); total (46/30) | |||||||||||
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(MQ=255) cGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAAtt < 1:567204/251‑1 (MQ=255) atatTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATg < 1:521662/144‑1 (MQ=255) atatTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATg < 1:325333/203‑1 (MQ=255) atatTAGAGAAATTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGCGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCt > 1:890744/1‑187 (MQ=255) aTTCAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCa > 1:484612/1‑250 (MQ=255) cAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTAt > 1:807077/1‑133 (MQ=255) cAATTATTGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACttt > 1:9263/1‑251 (MQ=255) attattGGCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATg < 1:670190/112‑1 (MQ=255) ggCTATAGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACta < 1:486632/193‑2 (MQ=255) taGAAGAAAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGGGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACTTTATCAGAGCACTaa < 1:855882/251‑1 (MQ=255) gaagaaAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAggtg > 1:446693/1‑92 (MQ=255) gaagaaAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAgctg < 1:269651/221‑1 (MQ=255) gaagaaAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCAc > 1:404035/1‑233 (MQ=255) gaagaaAAACTTGGTACACTGTCGGCAAAAATGAGTGTCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTGGCTCCAGGTGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTATGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTAAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACTTTATCAGAGCACTaaca > 1:574929/1‑251 (MQ=255) | CTTTAAAACATTAAATCCTGATCTAACTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATCTGAAATTACTGGTATGTCACAAGCATTACAGGATCTCTCTGTGTCTTTACCAACAACGGAAATCAGGATGTTTTGCACTGTAATGCAGCAAAGTCTGAATTTTGGTTCCTCTATTTATCATCAATTAATTCAACTATCGACTGATATTAGAGAAATTCAATTATTAGCTATAGAAGAAAAGCTTGGTACGCTGTCAGCAAAAATGAGTATCCCTTTGATTCTATTTATTATGTTTCCAATTATTATTTTAATTCTAGCTCCAGGCGTAATGAGGGTATTTCCACATGTATTCTAAATCTCTTAAAAATGTTCTATTGTGCGGCATGATCTTATCTGTTACTGCATGTTCTGCTGTACTCAATAAAAAACCATTAAGTGCTGATAAATTAGCTGCTAAAGAAGCACTTTATCAGAGTACTAACA > 1/1485731‑1486210 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |