Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	1	1,485,653	C→A	A146A (GCC→GCA)	unknown →	Type II/IV secretion system protein TadC, associated with Flp pilus assembly

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	1	1,485,653	0	C	A	100.0%	48.0 / NA	20	A146A (GCC→GCA)	unknown	Type II/IV secretion system protein TadC, associated with Flp pilus assembly
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (12/8);  total (12/8)

CTTTATTCATTTACTGATGAAACTACCGACAGTTCATCTCTGTTACTTGGCTTTCTAACTATATTAATAATAACTATTGTCATTCCTGGGGTTTTAATTGGTTCTATTTTGAAAGCTAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCCGGATTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATGTACAAACAGGGATAAGTATTGAGGCCGCACTAAAACAGGTTGCAACTGACTTTAAAACATTAAATCCTGATCTAACTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATCTGAAATTACTGGTATGTCACAAGCATTACAGGATCTCTCTGTGTC  >  1/1485507‑1485832                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                                                    cTTTATTCACTTATTGATAAAACTACTGACAGCTCATCTCTGTTACTTGGCTTTCTAACTATATTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCtga                                                                              >  1:432260/1‑248 (MQ=255)          cttattgataaAACTACTGACAGCTCATCTCTGTTACTTGGCTTTCTAACTATATTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACttatgttat                                                                    >  1:527838/6‑251 (MQ=255)                         actgACAGCTCATCTCTGTTACTTGGCTTTCTAACTATATTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTTATGTTATGTTACGt                                                             <  1:113262/240‑1 (MQ=255)                         actgACAGCTCATCTCTGTTACTTGGCTTTCTAACTATATTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTTATGTTATGTTACGTATTATTCg                                                     >  1:205908/4‑251 (MQ=255)                                  tCATCTCTGTTACTTGGCTTTCTAACTATATTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAACATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATccga                                            >  1:694927/1‑248 (MQ=255)                                                            tataTTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTAc                                                                                                                                                      <  1:424962/119‑1 (MQ=255)                                                             atatTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTaaaccc                                                                                      <  1:34736/182‑4 (MQ=255)                                                             atatTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTtatgttatgt                                                                  <  1:254665/202‑1 (MQ=255)                                                             atatTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTtatgttatgt                                                                  >  1:578923/1‑202 (MQ=255)                                                             atatTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATCCGAGATTAc                                      <  1:70082/230‑1 (MQ=255)                                                              tatTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGCCTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATCCGAGATTACCGGTATGTCGCAGGCATTGCAg                >  1:612008/1‑251 (MQ=255)                                                              tatTAATAGTAACTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACttatgt                                                                       <  1:341250/196‑1 (MQ=255)                                                                  aatagtaaCTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTTATGTTATGTTACGtat                                                           >  1:662688/1‑204 (MQ=255)                                                                  aatagtaaCTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATCCGAGATTACCGGTATGTCGCAGGCATTGCAGGAtc            <  1:44947/251‑1 (MQ=255)                                                                       taaCTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATCCGAGATTACCGGTATGTCGCAGGCATTGCAGGAtctctc        >  1:795950/1‑250 (MQ=255)                                                                          cTATTGTTATTCCAGGAATTTTAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACttatgtta                                                                     >  1:320163/1‑186 (MQ=255)                                                                                           attttAATTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTaaaa                                                                                                <  1:31055/141‑1 (MQ=255)                                                                                                aaTTGGTTCTATTTTAAAATCCAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTaaaat                                                                                               >  1:259247/1‑137 (MQ=255)                                                                                                          attttaaaatccaaaaTTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATCCGAGATTACCGGTATGTCGCAGGCATTGCAGGATCTCTCTGTGTc  >  1:665696/13‑221 (MQ=255)                                                                                                                                            aTTTAGCAGGTTTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATTTACAAACGGGAATGGGTATTGAAGCTGCGCTAAAGCACGTTGCAACTGACTTTAAAATATTAAACCCTGATCTGACTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATCCGAGATTACCGGTATGTCGCAGGCATTGCAGGAtctc          >  1:251250/1‑179 (MQ=255)                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                                                    CTTTATTCATTTACTGATGAAACTACCGACAGTTCATCTCTGTTACTTGGCTTTCTAACTATATTAATAATAACTATTGTCATTCCTGGGGTTTTAATTGGTTCTATTTTGAAAGCTAAAATTAAAAAAATCATGAATGATTTAGCCGGATTCATTGATTTAGTAGCTGTTAATGTACAAACAGGGATAAGTATTGAGGCCGCACTAAAACAGGTTGCAACTGACTTTAAAACATTAAATCCTGATCTAACTTATGTTATGTTACGTATTATTCGTAAATCTGAAATTACTGGTATGTCACAAGCATTACAGGATCTCTCTGTGTC  >  1/1485507‑1485832

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑