| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,485,227 | A→G | K4K (AAA→AAG) | unknown → | Type II/IV secretion system protein TadC, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,485,227 | 0 | A | G | 100.0% | 154.1 / NA | 54 | K4K (AAA→AAG) | unknown | Type II/IV secretion system protein TadC, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (24/30); total (24/30) | |||||||||||
ATTGCCGATAGCAATAAAATGGAGAAGAAAAAGAAAGCAATGACATCAGAGGCTAGAATGTCAGCTATAATTGTAGCGTGTTTTCCTGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAATTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGCAGTGAACTTTTCGGTATGGGAATCATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATGATTAAACTATTATTATCTTATGCGCTATTAACGATTTTTGGTATTATTGTATTGTTTGCCGCACTTTCAGCCAGAAAAAAATTCCAATATAGAAAGGAAGTTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCAAGATAGTGACGAAGTAGCTAAAAATAAGAGCAAACAGCAAATTGAACTTGAACTATTACTAATTAATAATAATCCTATCTTAAA > 1/1484980‑1485433 | aTTGCGGATAGCAATAAAATGGAAAAGAAAAAGAAAGCAATGACATCAGAGGCCAGAATGTCAGCTATAATCGTAGCATGTTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCta > 1:496167/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) aatcgTAGCATGTTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGaag < 1:785683/247‑2 (MQ=255) agcatgtTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAAtt > 1:465374/5‑251 (MQ=255) gcatgtTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCtattac > 1:238658/4‑179 (MQ=255) 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(MQ=255) aCTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTAc < 1:719046/222‑1 (MQ=255) taattaatGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCaaagtaatgatgaaatagcca < 1:194400/251‑20 (MQ=255) ttaatGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCagcataggaaagaaattatt < 1:496282/205‑20 (MQ=255) cccTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGtgtgtttgtatt < 1:668872/146‑12 (MQ=255) 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1:713004/107‑8 (MQ=255) tGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCAAAGTAATGATGAAATAGCCAAAGGTAAAAGCAAGCAGCAAAttgaac < 1:460298/251‑1 (MQ=255) ttattaTGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCtattactg > 1:808838/1‑84 (MQ=255) attatGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATgcattatta > 1:894091/1‑93 (MQ=255) gTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCaaagtaatga > 1:791350/1‑194 (MQ=255) 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1:172888/1‑166 (MQ=255) aTTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTACTGgag > 1:637747/1‑144 (MQ=255) aTTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCAAAGTAATGATGAAATAGCCAAAGGTAAAAGCAAGCAGCAAATTGAACTTGAGCTGTTACTGATtaacaat > 1:258979/1‑230 (MQ=255) aCATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCAAAGTAATGATGAAATAGCCAAAGGTAAAAGCAAGCAGCAAATTGAACTTGAGCTGTTACTGATTAACAATAATcc > 1:318174/1‑211 (MQ=255) | ATTGCCGATAGCAATAAAATGGAGAAGAAAAAGAAAGCAATGACATCAGAGGCTAGAATGTCAGCTATAATTGTAGCGTGTTTTCCTGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAATTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGCAGTGAACTTTTCGGTATGGGAATCATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATGATTAAACTATTATTATCTTATGCGCTATTAACGATTTTTGGTATTATTGTATTGTTTGCCGCACTTTCAGCCAGAAAAAAATTCCAATATAGAAAGGAAGTTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCAAGATAGTGACGAAGTAGCTAAAAATAAGAGCAAACAGCAAATTGAACTTGAACTATTACTAATTAATAATAATCCTATCTTAAA > 1/1484980‑1485433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |