| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,485,165 | C→T | G278G (GGC→GGT) | unknown → | Flp pilus assembly protein TadB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,485,165 | 0 | C | T | 100.0% | 225.9 / NA | 84 | G278G (GGC→GGT) | unknown | Flp pilus assembly protein TadB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (42/42); total (42/42) | |||||||||||
CACCAACTTAAGTAAAGGCGGACAGATACGCGAGGTTATTTCCCGTTTAGGTCGTGTAATTGCCGATAGCAATAAAATGGAGAAGAAAAAGAAAGCAATGACATCAGAGGCTAGAATGTCAGCTATAATTGTAGCGTGTTTTCCTGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAATTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGCAGTGAACTTTTCGGTATGGGAATCATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATGATTAAACTATTATTATCTTATGCGCTATTAACGATTTTTGGTATTATTGTATTGTTTGCCGCACTTTCAGCCAGAAAAAAATTCCAATATAGAAAGGAAGTTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCAAGATAGTGACGAAGTAGCTAAAAATAAGAGCAAACAGCAAATTGAAC > 1/1484922‑1485396 | cactaatttaaacaaaGGTGGACAGATACGGGAGGTTATTTCTCGTTTAGGTCGCGTAATTGCGGATAGCAATAAAATGGAAAAGAAAAAGAAAGCAATGACATCAGAGGCCAGAATGTCAGCTATAATCGTAGCATGTTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGagc < 1:23726/238‑3 (MQ=255)cactaatttaaacaaaGGTGGACAGATACGGGAGGTTATTTCTCGTTTAGGTCGCGTAATTGCGGATAGCAATAAAATGGAAAAGAAAAAGAAAGCAATGACATCAGAGGCCAGAATGTCAGCTATAATCGTAGCATGTTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGag > 1:165723/14‑249 (MQ=255) aatttaaacaaaGGTGGACAGATACGGGAGGTTATTTCTCGTTTAGGTCGCGTAATTGCGGATAGCAATAAAATGGAAAAGAAAAAGAAAGCAATGACATCAGAGGCCAGAATGTCAGCTATAATCGTAGCATGTTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCtttt > 1:406210/10‑251 (MQ=255) aatttaaacaaaGGTGGACAGATACGGGAGGTTATTTCTCGTTTAGGTCGCGTAATTGCGGATAGCAATAAAATGGAAAAGAAAAAGAAAGCAATGACATCAGAGGCCAGAATGTCAGCTATAATCGTAGCATGTTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCtttt > 1:869277/10‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) agcatgtTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAAtt > 1:465374/5‑251 (MQ=255) gcatgtTTTCCGGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCtattac > 1:238658/4‑179 (MQ=255) tttctttttcttTATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCagcataggaaagaaa < 1:273/250‑15 (MQ=255) ctttttctttATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCtattactgtc < 1:627994/164‑6 (MQ=255) tctttATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCtattac > 1:281533/1‑154 (MQ=255) tctttATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATgc > 1:247894/1‑165 (MQ=255) tttATGCAGTTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCagcataggaaagaaa > 1:693126/1‑226 (MQ=255) tttGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTACTGGAGAAAGAc < 1:279608/249‑1 (MQ=255) ttGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGagc > 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1:194400/251‑20 (MQ=255) ttaatGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAAc > 1:106698/1‑94 (MQ=255) ttaatGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCagcataggaaagaaattatt < 1:496282/205‑20 (MQ=255) cccTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGtgtgtttgtatt < 1:668872/146‑12 (MQ=255) cccTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCagcataggaa < 1:852618/188‑10 (MQ=255) aCCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAACTTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCaaagt > 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attatGTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATgcattatta > 1:894091/1‑93 (MQ=255) gTTTTTGGTAGTGAGCTTTTCGGTATGGGAATTATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATAATTAAGCTATTACTGTCTTATGCATTATTAACCATTTTTGGTGTGTTTGTATTATTTTTGGCACTTTCAGCTAGAAGAAAATTCCAGCATAGGAAAGAAATTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCaaagtaatga > 1:791350/1‑194 (MQ=255) | CACCAACTTAAGTAAAGGCGGACAGATACGCGAGGTTATTTCCCGTTTAGGTCGTGTAATTGCCGATAGCAATAAAATGGAGAAGAAAAAGAAAGCAATGACATCAGAGGCTAGAATGTCAGCTATAATTGTAGCGTGTTTTCCTGTCGGTTTCTTTTTCTTTATGCAATTTGCTATGCCGGAAAACTTTGATTTCTTAATTAATGACCCTACCGGTAGATACGTGCTTTATTATGTTTTTGGCAGTGAACTTTTCGGTATGGGAATCATTTGGTGGTTGATGAGGAAGTCAACATGATGATTAAACTATTATTATCTTATGCGCTATTAACGATTTTTGGTATTATTGTATTGTTTGCCGCACTTTCAGCCAGAAAAAAATTCCAATATAGAAAGGAAGTTATTACTGGAGAAAGACCTAAGGATCAAGATAGTGACGAAGTAGCTAAAAATAAGAGCAAACAGCAAATTGAAC > 1/1484922‑1485396 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |