| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,483,927 | A→G | A292A (GCA→GCG) | unknown → | Type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF, TadA subfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,483,927 | 0 | A | G | 100.0% | 221.4 / NA | 80 | A292A (GCA→GCG) | unknown | Type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF, TadA subfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (38/42); total (38/42) | |||||||||||
ACCTTACTTAATGCGCTATCTAACTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACACTAGAAGATACTGCCGAGCTGCGTTTGGAACAGCCTCATGTTGTACGCCTGGAAACGCGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAAGTTACTATGCAAGACTTAGTAATAAATGCATTGCGTATGCGTCCTGAGCGTATTATTGTGGGCGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAAATGTTACAAGCAATGAATACCGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATAGCCCTCGCGATGCAACATCTCGCTTGGA‑A‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCATCCCTACCGTTAGAGGCAATTCGCCGTAATATCTCTTCAGCAGTAAACATAATAGTGCAGGCGTCCCGTTTAAATGATGGTTCAAGAAAAATTATGAATATCACTGAGGTTATGGGAATGGAAAACGGTCAAAT > 1/1483685‑1484160 | actctccttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacac < 1:563851/245‑4 (MQ=255) ctccttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacactgg > 1:103052/4‑245 (MQ=255) ccttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacactggt > 1:102206/2‑243 (MQ=255) ttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCa > 1:519060/1‑250 (MQ=255) aTGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacac > 1:475082/1‑238 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTc < 1:471849/239‑1 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTa > 1:216418/1‑251 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTa > 1:188748/1‑251 (MQ=255) taattataTTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGt > 1:473526/5‑251 (MQ=255) atatTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACg > 1:5915/1‑251 (MQ=255) ttCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCa < 1:109779/228‑1 (MQ=255) ttCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTg > 1:89481/1‑250 (MQ=255) ttCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTg > 1:483751/1‑250 (MQ=255) aaCGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATac < 1:363174/250‑2 (MQ=255) tgtCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCt > 1:803416/1‑250 (MQ=255) catcaCATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTcggg < 1:298321/251‑3 (MQ=255) atcaCATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTcggga < 1:847545/251‑4 (MQ=255) cattAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTcggg > 1:664584/4‑244 (MQ=255) cattAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCa > 1:846900/4‑251 (MQ=255) ttAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATATAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCa < 1:426233/248‑1 (MQ=255) agaTACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGt > 1:354185/1‑212 (MQ=255) ctgctgaattGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacact < 1:718168/179‑5 (MQ=255) ctgctgaattGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacac > 1:258161/10‑184 (MQ=255) ctgctgaattGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATaccc < 1:113111/219‑4 (MQ=255) ctgctgaattGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTg > 1:829310/10‑251 (MQ=255) tgctgaattGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTgg < 1:149090/243‑1 (MQ=255) gctgaattGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGa > 1:496729/8‑251 (MQ=255) aattGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGagag < 1:526348/247‑4 (MQ=255) tttGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTa < 1:323908/251‑1 (MQ=255) tttGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTa < 1:383791/251‑1 (MQ=255) tttGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTa < 1:452672/251‑1 (MQ=255) accTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTc < 1:655922/179‑1 (MQ=255) accTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACAtctc < 1:28837/223‑1 (MQ=255) accTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCg < 1:475616/249‑1 (MQ=255) accTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGa > 1:782473/2‑251 (MQ=255) ccTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaac < 1:373503/162‑2 (MQ=255) aTGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGt < 1:655968/235‑1 (MQ=255) gttgtACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGcgt > 1:407762/1‑248 (MQ=255) ccttgAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATacc > 1:126127/5‑188 (MQ=255) aaaCACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGttggaa > 1:41889/1‑247 (MQ=255) gCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGt > 1:643934/1‑213 (MQ=255) tGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattg < 1:117009/251‑3 (MQ=255) cATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattgca < 1:292012/249‑5 (MQ=255) ggCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGttgga < 1:15671/221‑4 (MQ=255) gCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattgcatctgcag < 1:538650/249‑12 (MQ=255) cgaggTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACGCTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattgcatctgcagtaa < 1:28129/247‑15 (MQ=255) ttACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattgcatctgcagtaaatatc < 1:215324/251‑20 (MQ=255) ttACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattgcatctgcagtaaatatc < 1:689306/251‑20 (MQ=255) aCTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGACGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTa < 1:754580/184‑1 (MQ=255) aTGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAAc < 1:237478/158‑1 (MQ=255) gTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacac > 1:834160/1‑89 (MQ=255) gcactacGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatat < 1:872275/200‑1 (MQ=255) ctacGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattgcatctgcagtaaatatc < 1:275003/219‑20 (MQ=255) acGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattgcatctgcagtaaat < 1:743762/216‑17 (MQ=255) acGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattgcatc < 1:659428/206‑7 (MQ=255) acGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatat > 1:776148/2‑201 (MQ=255) gTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTa < 1:257180/153‑1 (MQ=255) gTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGag < 1:628576/137‑2 (MQ=255) gTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGcgtc > 1:175010/1‑160 (MQ=255) cTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAAtc < 1:281034/251‑2 (MQ=255) tGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAAtca < 1:782966/251‑3 (MQ=255) gTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACAt > 1:305969/1‑117 (MQ=255) tatcgtaggtgAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAatatta > 1:405504/11‑249 (MQ=255) atcgtaggtgAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAAc < 1:788163/101‑1 (MQ=255) atcgtaggtgAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGag < 1:91765/114‑2 (MQ=255) atcgtaggtgAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGAGAGAGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattg > 1:807965/10‑181 (MQ=255) atcgtaggtgAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAatattac < 1:563338/242‑4 (MQ=255) atcgtaggtgAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAatatta > 1:629222/10‑248 (MQ=255) atcgtaggtgAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAatatta > 1:418153/10‑248 (MQ=255) tcgtaggtgAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAGCACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTatg > 1:346730/9‑134 (MQ=255) tcgtaggtgAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTAcc > 1:706188/9‑154 (MQ=255) gtggAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTatga > 1:330552/1‑117 (MQ=255) tggAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAATATTACTGAAATAATGGGTATGGaaa < 1:462289/251‑1 (MQ=255) tggAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAATATTACTGAAATAATGGGTATGGaa < 1:676093/250‑1 (MQ=255) gaAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAATATTACTGAAATAATGGGTATGGaaaatgg > 1:390491/1‑248 (MQ=255) gCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATaccc > 1:877770/1‑67 (MQ=255) ttCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAatattgcatctgcagtaaat < 1:316392/165‑17 (MQ=255) ttCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAatattac > 1:846452/1‑218 (MQ=255) ttCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAATATTACTGAAATAATGGGTATGGAAAATGGGCAAAt > 1:775030/1‑251 (MQ=255) ttCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATACCCCTCGGGATGCAACATCTCGATTGGA‑G‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCGTCCCTACCGTTGGAAGCAATTCGCCGTAATATTGCATCTGCAGTAAATATCATCGTACAAGCCTCCCGTTTAAATGATGGAACAAGAAAAATCATGAATATTACTGAAATAATGGGTATGGAAAATGGGCAAAt > 1:145787/1‑251 (MQ=255) | ACCTTACTTAATGCGCTATCTAACTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACACTAGAAGATACTGCCGAGCTGCGTTTGGAACAGCCTCATGTTGTACGCCTGGAAACGCGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAAGTTACTATGCAAGACTTAGTAATAAATGCATTGCGTATGCGTCCTGAGCGTATTATTGTGGGCGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAAATGTTACAAGCAATGAATACCGGTCACGATGGTTCTATGTCAACGTTGCACGCAAATAGCCCTCGCGATGCAACATCTCGCTTGGA‑A‑AGTATGGTTATGATGTCGAATGCATCCCTACCGTTAGAGGCAATTCGCCGTAATATCTCTTCAGCAGTAAACATAATAGTGCAGGCGTCCCGTTTAAATGATGGTTCAAGAAAAATTATGAATATCACTGAGGTTATGGGAATGGAAAACGGTCAAAT > 1/1483685‑1484160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |