| Predicted mutation | ||||||
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| RA | 1 | 1,483,708 | C→T | N219N (AAC→AAT) | unknown → | Type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF, TadA subfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | 1 | 1,483,708 | 0 | C | T | 100.0% | 200.5 / NA | 74 | N219N (AAC→AAT) | unknown | Type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF, TadA subfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (35/39); total (35/39) | |||||||||||
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ccttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGc < 1:679120/184‑1 (MQ=255) ccttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacactggt > 1:102206/2‑243 (MQ=255) ttaATGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCa > 1:519060/1‑250 (MQ=255) aTGCGCTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGaacac > 1:475082/1‑238 (MQ=255) cTATCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGtattat < 1:422013/182‑1 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTa > 1:16537/1‑131 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGtattatcgtaggtg > 1:217916/1‑180 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTc < 1:471849/239‑1 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTa > 1:216418/1‑251 (MQ=255) aTCTAATTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACATTAGAAGATACTGCTGAATTGCGTTTGGAACAACCTCATGTTGTACGCCTTGAAACACGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAGGTTACTATGCAGGATTTAGTAATAAATGCACTACGTATGCGTCCTGAGCGTATTATCGTAGGTGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAGATGTTACAAGCGATGAACACTGGTCACGATGGTTCTa > 1:188748/1‑251 (MQ=255) | GACTCCCGACTACCTGATGGCAGCCGTTTAAATGTTGTTATTGCACCGATTGCATTAGATGGCACATCCATTTCTATTCGTAAATTCAGTAAGAATAAAAAAACATTGCAAGAGCTTGTAAATTTTGGTTCTATGACTCGCGAAATGGCGAATTTCTTAATTATTGCTGCCAGATCCCGGGTAAATATAATTGTGTCAGGTGGTACAGGATCTGGTAAAACAACCTTACTTAATGCGCTATCTAACTATATTTCCCATACCGAACGTGTCATCACACTAGAAGATACTGCCGAGCTGCGTTTGGAACAGCCTCATGTTGTACGCCTGGAAACGCGTTTAGCCGGCGTTGAGCATACAGGCGAAGTTACTATGCAAGACTTAGTAATAAATGCATTGCGTATGCGTCCTGAGCGTATTATTGTGGGCGAATGCCGTGGTGGAGAAGCATTCCAAATGTTACAAGCAATGAATACCGGTCACGATGGTTCTA > 1/1483463‑1483952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |