| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,483,181 | G→A | V44I (GTT→ATT) | unknown → | Type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF, TadA subfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,483,181 | 0 | G | A | 100.0% | 143.6 / NA | 54 | V44I (GTT→ATT) | unknown | Type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF, TadA subfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (23/31); total (23/31) | |||||||||||
AATTCATTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCGAAAGAAAAACAGAGTTTATTTTCTTCATTTTTTTCAAAACTCATTAAACAGTAAATAGTGGCTAAACATGCTGACCAAACAACAAAAAATCTTACTTAGAAGTGAAGTACTAAGTAATCTTGATATTGAAAAGATTGATGAACTTCAAAGTGAAAGAAGCTCACTGGTAAACGAACTGGTTCAGATTGTTAACCGTGTTGCCAATAAAAGCGGTGCTTATTTGACCTCAGCCGATACTCTAGTTATGGCTGAAATTGTTGCTGATGAGATTGAGGGTTATGGACCATTACGAGATCTCATGGCTGACGATACTATAAATGATATTTTAGTTAATGGCCCTAATGACATCTGGGTTGAACGTGCTGGTATTCTGGAAAAAACTGATAAAGAATTTGTTAGTAATGAACAATTAACTGATATTGCA > 1/1482934‑1483408 | aattCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCAAAAGAAAAACAAAGTTTATTTTCCTCATTTTTTACAAAACTCATTAAACAATAAGTAGTGGTTAAACATGCTGACCAAACAACAAAAAATCTTACTTAGAAGTGAAGTATTGAGCAATCTTGATGTTGAAAAGATTGATGAACTTCAAAGTGAAAGAAGCTCATTAGTAAACGAACTGGTTCAGATTGTTAATCGTATTg < 1:763224/251‑1 (MQ=255) 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1:452402/169‑1 (MQ=255) caataagtAGTGGTTAAACATGCTGACCAAACAACAAAAAATCTTACTTAGAAGTGAAGTATTGAGCAATCTTGATGTTGAAAAGATTGATGAACTTCAAAGTGAAAGAAGCTCATTAGTAAACGAACTGGTTCAGATTGTTAATCGTATTGCCAATAAAAGTAACACTTATTTGACGTCATCCGATGCACTGGTTATGGCTGAAATTGTTGCTGATGAGATTGAGGGTTATGGTCCGTTACGGGAtctcg > 1:123341/8‑250 (MQ=255) caataagtAGTGGTTAAACATGCTGACCAAACAACAAAAAATCTTACTTAGAAGTGAAGTATTGAGCAATCTTGATGTTGAAAAGATTGATGAACTTCAAAGTGAAAGAAGCTCATTAGTAAACGAACTGGTTCAGATTGTTAATCGTATTGCCAATAAAAGTAACACTTATTTGACGTCATCCGATGCACTGGTTATGGCTGAAATTGTTGCTGATGAGATTGAGGGTTATGGTCCGTTACGGGAtctcg > 1:386819/8‑250 (MQ=255) tAGTGGTTAAACATGCTGACCAAACAACAAAAAATCTTACTTAGAAGTGAAGTATTGAGCAATCTTGATGTTGAAAAGATTGATGAACTTCAAAGTGAAAGAAGCTCATTAGTAAACGAACTGGTTCAGATTGTTAATCGTATTGCCAATAAAAGTAACACTTATTTGACGTCATCCGATGCACTGGTTATGGCTGAAATTGTTGCTGATGAGATTGAGGGTTATGGTCCGTTACGGGATCTCGTGGCTg < 1:551862/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |