Predicted mutation
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RA	1	1,482,831	T→C	T306T (ACT→ACC)	unknown →	Type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE, associated with Flp pilus assembly

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	1	1,482,831	0	T	C	100.0%	23.5 / NA	10	T306T (ACT→ACC)	unknown	Type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE, associated with Flp pilus assembly
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (3/7);  total (3/7)

ATCCGTGGCACTTCGAGAAAACCAATTCGTACTTTTGTCTGTATTTCTGATAATCGAATGGAATCAGCTAAGTTAATGGCCAAAAATGATATAGAAACTTTAATTGGTTCTTCAATAGATGCCGTAATCCCGTATATTAAAAACACTAATACAAAAACCATATTAGGTATTAACTTAGGTCGTGATGGTAAAAAGGAAATTAATTCATTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCGAAAGAAAAACAGAGTTTATTTTCTTCATTTTTTTCAAAACTCATTAAACAGTAAATAGTGGCTAAACAT  >  1/1482733‑1483053                                                                                                   |                                                                                                                                                                                                                               attcgcagtaCTTCGAGAAAACCAATTCGCACTTTTGTATGTATTTCTGATAATCGGTTAGAAGCAGCTAAGTTAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGcc                                                                        <  1:883817/242‑1 (MQ=255)          aCTTCGAGAAAACCAATTCGCACTTTTGTATGTATTTCTGATAATCGGTTAGAAGCAGCTAAGTTAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCAAAAGaaaa                                                               >  1:63248/1‑251 (MQ=255)                                     gtatGTATTTCTGATAATCGGTTAGAAGCAGCTAAGTTAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGc                                                                         <  1:858971/211‑1 (MQ=255)                                       atGTATTTCTGATAATCGGTTAGAAGCAGCTAAGTTAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAatat                                                                                        <  1:19406/196‑1 (MQ=255)                                               cTGATAATCGGTTAGAAGCAGCTAAGTTAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCAAAAGAAAAACAAAGTTTATTTTCCTCATTTTTTACAAAACTCAtt                          >  1:171135/1‑251 (MQ=255)                                                   taatcggttagaagcAGCTAAGTTAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCAAAAGAAAAACAAAGTTTATTTTCCTCATTTTTTACAAAACTCATTAAAc                      <  1:506710/237‑1 (MQ=255)                                                          ttagaagcAGCTAAGTTAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCAAAAGAAAAACAAAGTTTATTTTCCTCATTTTTTACAAAACTCATTAAACAATaagt               <  1:231075/244‑3 (MQ=255)                                                             gaagcAGCTAAGTTAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCAAAAGAAAAACAAAGTTTATTTTCCTCATTTTTTACAAAACTCATTAAAc                      >  1:847208/5‑241 (MQ=255)                                                                      aaGTTAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCAAAAGAAAAACAAAGTTTATTTTCCTCATTTTTTACAAAACTCATTAAACAATAAGTAGTGGTTAAACa   <  1:591750/251‑1 (MQ=255)                                                                         ttAATGGCTAAGAATGATATCGAAACCTTAATCGGTTCTTCAATAGATGCCATAATTCCTTTTGTTAAAAATACTAATACAAAAACTGTATTGGGCATTAACTTAGGTCGTGATGGGAAAAAGGAAATTAATTCACTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCAAAAGAAAAACAAAGTTTATTTTCCTCATTTTTTACAAAACTCATTAAACAATAAGTAGTGGTTAAACAt  <  1:256312/249‑1 (MQ=255)                                                                                                   |                                                                                                                                                                                                                               ATCCGTGGCACTTCGAGAAAACCAATTCGTACTTTTGTCTGTATTTCTGATAATCGAATGGAATCAGCTAAGTTAATGGCCAAAAATGATATAGAAACTTTAATTGGTTCTTCAATAGATGCCGTAATCCCGTATATTAAAAACACTAATACAAAAACCATATTAGGTATTAACTTAGGTCGTGATGGTAAAAAGGAAATTAATTCATTAATGTTAAAGGTTATTGGTGCAATATCTCGCAGTAGTAAGCCGAAAGAAAAACAGAGTTTATTTTCTTCATTTTTTTCAAAACTCATTAAACAGTAAATAGTGGCTAAACAT  >  1/1482733‑1483053

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑