| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,482,462 | T→C | S183S (TCT→TCC) | unknown → | Type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,482,462 | 0 | T | C | 100.0% | 124.0 / NA | 44 | S183S (TCT→TCC) | unknown | Type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (13/31); total (13/31) | |||||||||||
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1:154381/160‑1 (MQ=255) gaTTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTg < 1:861778/146‑1 (MQ=255) gaTTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGAt > 1:637905/1‑193 (MQ=255) gCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGATCAACCTATCTATAACGTCAAAAAGGATAATTTCATTAGTTTTTTAGAAAACTATAATAATTTCGTATTAGTTGTagaaagaaaaa > 1:496521/1‑248 (MQ=255) gtccTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTg < 1:366494/61‑1 (MQ=255) gtccTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAAc > 1:148247/3‑92 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |