| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,482,450 | C→T | G179G (GGC→GGT) | unknown → | Type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,482,450 | 0 | C | T | 100.0% | 129.2 / NA | 50 | G179G (GGC→GGT) | unknown | Type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/35); total (15/35) | |||||||||||
ATAGTGACTCCATCTCTTTATCACAAAAACTACTAGATGAGGGCATCCTTTACTTTAATTCGCATACTCAGTTAAGTCAGATGGTTGAGAAAATCATTTTAGGTGCTGATATCCCTCGCTTAAGAGATACTGTTAAAATTGCTGTATTAAGTTGTAAAGGTGGTATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTGTCAAGTAAAAAAATTCCAGTGCTATTAGCCCAAGGCCCTAATGGTTCTCAAGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATACTCCGAATTTAGACATATTTAACGGGAGTCTATTTGAGCTAACACCTGCGGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGATCAACCTATCTATAATGTTAAGAAGGATAATTTCATTGGTTTTTTAGAAAACTATAATAGTTTCGTATTAGTTGTAGAAAGAAGAA > 1/1482206‑1482685 | aTAGTGACTCAATCTCTTTATCACAAAAACTACTAGATGAGGGTATCCTTTACTTTAATTCGCATACCCAATTAAGTCAGATGGTTGAGAAAATCATTTTAGGTGTTGATATACCTCGTTTAAGAGATACTGTTAAAATTGCTGTATTAAGTTGTAAGGGCGGTATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAAt < 1:667072/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |