Predicted mutation
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RA	1	1,482,432	A→G	P173P (CCA→CCG)	unknown →	Type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE, associated with Flp pilus assembly

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*	1	1,482,432	0	A	G	100.0%	175.7 / NA	62	P173P (CCA→CCG)	unknown	Type II/IV secretion system ATPase TadZ/CpaE, associated with Flp pilus assembly
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                                                                                                                                               aTACTGTTAAAATTGCTGTATTAAGTTGTAAGGGCGGTATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATAc                                           <  1:407631/251‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                   cTGTTAAAATTGCTGTATTAAGTTGTAAGGGCGGTATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATg                                                                                                                        <  1:543163/171‑1 (MQ=255) 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                                                                                                                                                                     aaGTTGTAAGGGCGGTATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGc                                                                                                                                    <  1:247404/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                        gTTGTAAGGGCGGTATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGATCAAc                     >  1:252111/1‑249 (MQ=255) 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                                                                                                                                                                               ggcggtATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGATCAACctatctat             <  1:7724/246‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                  cggtATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGATCAACCTATCTATaac          <  1:477338/249‑2 (MQ=255)                                                                                                                                                                                  cggtATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGATCAACCTATCTATaac          <  1:556451/249‑2 (MQ=255)                                                                                                                                                                                  cggtATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGATCAACCTATCTATaac          <  1:817751/249‑2 (MQ=255)                                                                                                                                                                                  cggtATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGATCAACCTATCTATaac          <  1:711880/249‑2 (MQ=255)                                                                                                                                                                                    gtATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATgg                                                                                                                                                                       >  1:698921/1‑91 (MQ=255)                                                                                                                                                                                          gcgcAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGTTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTGCGATCAACCTATCTATaacgtcaaaaa  <  1:158595/250‑10 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                              caTATTGCTAATGAGATTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTg                                                                        <  1:154381/160‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                            gaTTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTg                                                                        <  1:861778/146‑1 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                            gaTTGTATCAAGTAAAAAAATTCCGGTGCTATTAGCCCAAGGTCCTAATGGTTCCCAGGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATGCTCCTAATTTAGATATATTTAACGGGAGCTTATTTGAGCTAACACCCGCAGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGAt                         >  1:637905/1‑193 (MQ=255)                                                                                                                                                                                                                                                    |                                                                                                                                                                                                GTGTTGTGTTATCGGTGATAGTGACTCCATCTCTTTATCACAAAAACTACTAGATGAGGGCATCCTTTACTTTAATTCGCATACTCAGTTAAGTCAGATGGTTGAGAAAATCATTTTAGGTGCTGATATCCCTCGCTTAAGAGATACTGTTAAAATTGCTGTATTAAGTTGTAAAGGTGGTATTGGCGCAAGTTTAATTAGTTCACATATTGCTAATGAGATTGTGTCAAGTAAAAAAATTCCAGTGCTATTAGCCCAAGGCCCTAATGGTTCTCAAGATTTAGATTTATTATTTGATAAAAAGCTATCAGGTAATGTTATTGAATATACTCCGAATTTAGACATATTTAACGGGAGTCTATTTGAGCTAACACCTGCGGCGACTGAAAAATACAATTTTATTATCTACGATCAACCTATCTATAATGTTAAGAA  >  1/1482189‑1482623

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑