| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,481,539 | G→A | D49N (GAT→AAT) | unknown → | Flp pilus assembly protein RcpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,481,539 | 0 | G | A | 100.0% | 132.7 / NA | 50 | D49N (GAT→AAT) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (28/22); total (28/22) | |||||||||||
AAAACCGGAACAATGGAAAGATTCTTCCATACGACTCCGTTAAAGAATGTTTATTACAAAACATTAACATCTAACTTCTTAAAAAATAGTGGGTTCATACAATGAGAAAATTAGTTATCACGGCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTACCGCCCCGGTAACAACATTTGCAATCAGTGAATTTGTTAACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCGATCGTTATGTATTACCGGATTACTCTAATGTCAGTTATAGTAATTTATTTAATTCCGTTATTCGTGATATAGGTAGTAACAACCAAAAGCAAATCAATATAATTTGGCGTGATGCTACGGCAAAGAAAGCCGCAATGAAAATTCGTACAAAATTGATTAAAAATGGTATTACCTCTAAATCTATTTACTTAGAGAAAAAAGCACATAAAGCAAAAACATATCCAATCTATATTGAA > 1/1481294‑1481775 | aaaaCCGGAACAATGGAAAGATTCTTCCATACGACTCCGTTAAAGAATGTTTATTACAAGACATTAACATCTAACTTCTTAAAGAATAGTGGGTTCATACAATGAGAAAATTAGTTATTACGGCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTATCGTTCCGGCAAAAACATTTGCAATCAATGAATTTGTTGACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCAATCGt < 1:480649/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTTATTACAAGACATTAACATCTAACTTCTTAAAGAATAGTGGGTTCATACAATGAGAAAATTAGTTATTACGGCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTATCGTTCCGGCAAAAACATTTGCAATCAATGAATTTGTTGACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCAATCGTTa > 1:730276/1‑205 (MQ=255) gTTTATTACAAGACATTAACATCTAACTTCTTAAAGAATAGTGGGTTCATACAATGAGAAAATTAGTTATTACGGCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTATCGTTCCGGCAAAAACATTTGCAATCAATGAATTTGTTGACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCAATCGTTATGTATTACCGGATTATTCTAATg > 1:160/1‑228 (MQ=255) gTTTATTACAAGACATTAACATCTAACTTCTTAAAGAATAGTGGGTTCATACAATGAGAAAATTAGTTATTACGGCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTATCGTTCCGGCAAAAACATTTGCAATCAATGAATTTGTTGACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCAATCGTTATGTATTACCGGATTATTCTAATGt < 1:882225/229‑1 (MQ=255) gTTTATTACAAGACATTAACATCTAACTTCTTAAAGAATAGTGGGTTCATACAATGAGAAAATTAGTTATTACGGCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTATCGTTCCGGCAAAAACATTTGCAATCAATGAATTTGTTGACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCAATCGTTATGTATTACCGGATTATTCTAATGTCAGTTATAGTAATTTATTCAAt 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1:528979/1‑163 (MQ=255) gaAAATTAGTTATTACGGCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTATCGTTCCGGCAAAAACATTTGCAATCAATGAATTTGTTGACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCAATCGTTATGTATTACCGGATTATTCTAATGTCAGTTATAg > 1:121544/1‑181 (MQ=255) aCGGCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTATCGTTCCGGCAAAAACATTTGCAATCAATGAATTTGTTGACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCAATCGTTATGTATTACCGGATTATTCTAATGTCAGTTATAGTAATTTATTCAATTCTGTCATTCGTGATATAGGTAGTAACAACCAAAAACAAATCAATATCAttt > 1:676897/1‑232 (MQ=255) gCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTATCGTTCCGGCAAAAACATTTGCAATCAATGAATTTGTTGACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCAATCGTTATGTATTACCGGATTATTCTAATGTCAGTTATAGTAATTTATTCAATTCTGTCATTCGTGATATAGGTAGTAACAACCAAAAACAAATCAATATCATTTGGCGTGATGCTACGGCaaagaa > 1:497763/1‑251 (MQ=255) 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AAAACCGGAACAATGGAAAGATTCTTCCATACGACTCCGTTAAAGAATGTTTATTACAAAACATTAACATCTAACTTCTTAAAAAATAGTGGGTTCATACAATGAGAAAATTAGTTATCACGGCCTCCATTGCATTGGCCTCAATTACCGCCCCGGTAACAACATTTGCAATCAGTGAATTTGTTAACGATACGACTGTTGCACAACCGGTACAAAATAGTGAATTTAATCGTACACAGTTAGTCGATCGTTATGTATTACCGGATTACTCTAATGTCAGTTATAGTAATTTATTTAATTCCGTTATTCGTGATATAGGTAGTAACAACCAAAAGCAAATCAATATAATTTGGCGTGATGCTACGGCAAAGAAAGCCGCAATGAAAATTCGTACAAAATTGATTAAAAATGGTATTACCTCTAAATCTATTTACTTAGAGAAAAAAGCACATAAAGCAAAAACATATCCAATCTATATTGAA > 1/1481294‑1481775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |