| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,481,065 | A→G | K350K (AAA→AAG) | unknown → | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,481,065 | 0 | A | G | 100.0% | 243.2 / NA | 84 | K350K (AAA→AAG) | unknown | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (43/41); total (43/41) | |||||||||||
TCCGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGGGGAGAAATCCCATTTGCACAGCGGGATAGAGATGGTTCACCAACAATTATCTATAAGGAGTTTGGGATAAAACTCGCTGTTGCGGCTAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAAACAGTAAGCACTATTGCAGGTAACTATAACTTTGATGGAATCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAATCTTTATTTGAGGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAGTGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTGGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGATGTTATTTACCCTGATTTTGAAAAAACC > 1/1480829‑1481299 | tcaggTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGaagt < 1:458771/248‑4 (MQ=255) caggTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTa > 1:299047/3‑251 (MQ=255) atCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGttt > 1:672845/1‑251 (MQ=255) atCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGttt > 1:537119/1‑251 (MQ=255) ttAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTttat < 1:572700/251‑1 (MQ=255) aaTCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGC‑AAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCt < 1:213319/204‑1 (MQ=255) aTCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATAT‑TAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTc < 1:610478/251‑1 (MQ=255) tCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTc < 1:298449/251‑1 (MQ=255) cATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAg > 1:686939/1‑250 (MQ=255) gagATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTAtt > 1:302300/3‑193 (MQ=255) agATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTg > 1:624027/2‑251 (MQ=255) agATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTg > 1:260867/2‑251 (MQ=255) tGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTc > 1:373521/1‑226 (MQ=255) ttcgccAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAAc < 1:619642/246‑1 (MQ=255) cgccAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACgg < 1:476283/191‑1 (MQ=255) caaTTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTGTTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTc > 1:426553/1‑249 (MQ=255) caaTTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAAc < 1:306676/242‑1 (MQ=255) caaTTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAAc > 1:674654/1‑242 (MQ=255) caaTTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTc > 1:24560/1‑249 (MQ=255) aTTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTc > 1:836875/1‑247 (MQ=255) aTTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCATAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTttatta < 1:161047/199‑1 (MQ=255) atatataAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAGTCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCtttt > 1:612332/4‑251 (MQ=255) atatataAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACa < 1:100170/235‑1 (MQ=255) tatataAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTa > 1:640464/3‑251 (MQ=255) tatataAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGCCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTc > 1:510606/3‑209 (MQ=255) atataAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAg < 1:168175/250‑1 (MQ=255) tataAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGGTCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAgg < 1:137056/251‑1 (MQ=255) ataAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGga < 1:863514/251‑1 (MQ=255) ataAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGga < 1:475289/251‑1 (MQ=255) gAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGAc < 1:647903/249‑1 (MQ=255) gTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATc > 1:136677/1‑250 (MQ=255) ggATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTa < 1:443323/149‑1 (MQ=255) gTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTttat < 1:572207/164‑1 (MQ=255) ttgctgccaaaTTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTttcttc < 1:475889/243‑1 (MQ=255) cAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCaacaac < 1:456074/251‑1 (MQ=255) cAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCaacaac < 1:42284/251‑1 (MQ=255) aaaaaaTAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTg < 1:585112/251‑1 (MQ=255) aaaTAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAAt > 1:510171/1‑216 (MQ=255) cGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGttctttct > 1:831353/1‑217 (MQ=255) cGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAaga > 1:343210/1‑251 (MQ=255) gCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAgg > 1:415756/1‑185 (MQ=255) gCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCaacaac < 1:465256/227‑1 (MQ=255) gCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGagttagt > 1:795596/1‑251 (MQ=255) ccTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGagttagtt < 1:709211/251‑1 (MQ=255) aGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCg > 1:873763/1‑251 (MQ=255) gATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAAc > 1:374747/1‑162 (MQ=255) aatcAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATg > 1:843870/4‑141 (MQ=255) atcAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCaa > 1:352253/3‑251 (MQ=255) gTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTAt > 1:303848/1‑239 (MQ=255) gcaccatagctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGt < 1:444965/227‑1 (MQ=255) caccatagctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATg < 1:776905/241‑1 (MQ=255) caccatagctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATg > 1:38271/11‑251 (MQ=255) caccatagctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATg < 1:852076/241‑1 (MQ=255) ccatagctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAAt > 1:170905/9‑248 (MQ=255) ccatagctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATgta > 1:102933/9‑251 (MQ=255) tagctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGt < 1:500210/227‑1 (MQ=255) gctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATaaaaa < 1:541960/212‑1 (MQ=255) gctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGACTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGAcc > 1:39853/4‑127 (MQ=255) ctggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAA‑TTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAAc < 1:573617/249‑1 (MQ=255) tggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAAc < 1:216929/250‑1 (MQ=255) tggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAAc < 1:185719/250‑1 (MQ=255) ggTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAAc < 1:409790/250‑1 (MQ=255) aaCTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAg > 1:516222/1‑232 (MQ=255) aaCTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGt > 1:10381/1‑251 (MQ=255) cTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTaa > 1:345520/1‑251 (MQ=255) aCTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTa < 1:55623/143‑1 (MQ=255) cTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAag > 1:635714/1‑203 (MQ=255) cTTTGAGGGAGTCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGaaa > 1:706333/1‑251 (MQ=255) tgagggagtCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAg < 1:85344/243‑1 (MQ=255) agtCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTg > 1:217795/3‑179 (MQ=255) gtCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGATGttgt > 1:193632/2‑249 (MQ=255) gtCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGATGttgt > 1:460604/2‑249 (MQ=255) cGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAAc < 1:71690/210‑1 (MQ=255) ggAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTAtt < 1:255827/43‑1 (MQ=255) gAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGATGTTGTTTAc > 1:402589/1‑250 (MQ=255) aaTATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGATGTTGTTTAccc < 1:730686/251‑1 (MQ=255) atatTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCTAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAAc > 1:39969/1‑110 (MQ=255) cTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAgg > 1:313217/1‑93 (MQ=255) cTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGATGTTGTTTAc < 1:87451/238‑1 (MQ=255) cTTTAATACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGATGTTGTTTACCCTGATTTTGaaa < 1:40447/251‑1 (MQ=255) aTACCCGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGATGTTGTTTACCCTGATTTTGAAAAAAcc < 1:73225/251‑1 (MQ=255) cccGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAAt < 1:664807/194‑1 (MQ=255) ccGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAg > 1:83664/1‑188 (MQ=255) cGTAAAGCAAAGTCTTTATTTGAAGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAATGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTAGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGa > 1:829034/1‑218 (MQ=255) | TCCGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGGGGAGAAATCCCATTTGCACAGCGGGATAGAGATGGTTCACCAACAATTATCTATAAGGAGTTTGGGATAAAACTCGCTGTTGCGGCTAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAAACAGTAAGCACTATTGCAGGTAACTATAACTTTGATGGAATCGGGAATATTCCGTTCTTTAATACCCGTAAAGCAAAATCTTTATTTGAGGTAGCTAACGGAGAAAGTTTTATTATCGGTGGCTTATTCAGCTCAAATGACCTTGAAGGTATAAACAAAGTTCCTCTTTTAGGAGACATCCCAATTTTAGGTTCTTTCTTCCGTAGTGCAACAACTGAGCGCGATAAAAAAGAGTTAGTTATCGTGGCAACAGTAAATGTAGTAAAACCGGTAAATGAAAAAGATGTTATTTACCCTGATTTTGAAAAAACC > 1/1480829‑1481299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |