| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,480,798 | A→G | K261K (AAA→AAG) | unknown → | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,480,798 | 0 | A | G | 100.0% | 238.9 / NA | 83 | K261K (AAA→AAG) | unknown | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (40/43); total (40/43) | |||||||||||
GTGTCGTTGATAACGCAAATATTGCCGATACAACCCAAATTAATGTGAAGCTTTCTGTTGTAGAGGTAAATAAAAAACTTTCTGAGGCAATGGGCATTAACTGGAGCCACGTTGCCGGTAGTGGTCCATTAGTCGGAGGTAACTTCGGTTTCGGAGGTGGATTCAATGGAAATCAAGGTGTATTACGTTTAGATGCGAAAGGTATTTCTGCCTTTATTAATGCTTTAGATAACCAAAGTAATGGTAAAGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCCGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGGGGAGAAATCCCATTTGCACAGCGGGATAGAGATGGTTCACCAACAATTATCTATAAGGAGTTTGGGATAAAACTCGCTGTTGCGGCTAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAAACAGTAAGCACTATTGCAGGTAACTATAACTTTGATGGAATCGGGAATATTC > 1/1480551‑1481039 | gtgtTGTTGATAACGCAAATATTGCAGACACAACCCAAATTAATGTGAAGCTTTCTGTTGTAGAGGTAAATAAGAAACTTTCTGAGGCGATGGGTATTAACTGGAGTCACGTTGCCGGTAGTGGTCCATTAGTCGGAGGTAACTTCGGTTTCGGAGGTGGATTCAATGGAAATCAAGGTGTATTACGTTTAGACGCAAAAGGTATTTCTGCGTTTATTAATGCCTTAGATAACCAAAGTAATGGTAAGGtt > 1:764481/1‑251 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1:398208/1‑218 (MQ=255) gccttAGATAACCAAAGTAATGGTAAGGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCAGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGAt > 1:17872/4‑213 (MQ=255) aaCCAAAGTAATGGTAAGGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCAGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCAccatagc < 1:791753/224‑7 (MQ=255) aCCAAAGTAATGGTAAGGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCAGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCggg > 1:522610/1‑251 (MQ=255) 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gTAATGGTAAGGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCAGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATAtt > 1:183680/1‑251 (MQ=255) aaTGGTAAGGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCAGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTc > 1:54873/1‑250 (MQ=255) gTAAGGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCAGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAGTTTGGGATAAAGCTCGCTGTTGCTGCCAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAATCAGTAAGCACCATAGCTGGTAACTATAACTTTGAGGGAGTCGGGAATATTc > 1:610723/1‑246 (MQ=255) | GTGTCGTTGATAACGCAAATATTGCCGATACAACCCAAATTAATGTGAAGCTTTCTGTTGTAGAGGTAAATAAAAAACTTTCTGAGGCAATGGGCATTAACTGGAGCCACGTTGCCGGTAGTGGTCCATTAGTCGGAGGTAACTTCGGTTTCGGAGGTGGATTCAATGGAAATCAAGGTGTATTACGTTTAGATGCGAAAGGTATTTCTGCCTTTATTAATGCTTTAGATAACCAAAGTAATGGTAAAGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCCGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGGGGAGAAATCCCATTTGCACAGCGGGATAGAGATGGTTCACCAACAATTATCTATAAGGAGTTTGGGATAAAACTCGCTGTTGCGGCTAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAAACAGTAAGCACTATTGCAGGTAACTATAACTTTGATGGAATCGGGAATATTC > 1/1480551‑1481039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |