| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,480,774 | T→C | A253A (GCT→GCC) | unknown → | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,480,774 | 0 | T | C | 100.0% | 241.4 / NA | 84 | A253A (GCT→GCC) | unknown | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (35/49); total (35/49) | |||||||||||
CTTAGACAAATATCATTACGATGGTGTCGTTGATAACGCAAATATTGCCGATACAACCCAAATTAATGTGAAGCTTTCTGTTGTAGAGGTAAATAAAAAACTTTCTGAGGCAATGGGCATTAACTGGAGCCACGTTGCCGGTAGTGGTCCATTAGTCGGAGGTAACTTCGGTTTCGGAGGTGGATTCAATGGAAATCAAGGTGTATTACGTTTAGATGCGAAAGGTATTTCTGCCTTTATTAATGCTTTAGATAACCAAAGTAATGGTAAAGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCCGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGGGGAGAAATCCCATTTGCACAGCGGGATAGAGATGGTTCACCAACAATTATCTATAAGGAGTTTGGGATAAAACTCGCTGTTGCGGCTAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAAACAGTAAGCACTATTGCAGGTAACTATAA > 1/1480528‑1481016 | cTTAGACAAATACCATTACGATGGTGTTGTTGATAACGCAAATATTGCAGACACAACCCAAATTAATGTGAAGCTTTCTGTTGTAGAGGTAAATAAGAAACTTTCTGAGGCGATGGGTATTAACTGGAGTCACGTTGCCGGTAGTGGTCCATTAGTCGGAGGTAACTTCGGTTTCGGAGGTGGATTCAATGGAAATCAAGGTGTATTACGTTTAGACGCAAAAGGTATTTCTGCGTTTATTAATGCCTTAg < 1:653987/251‑1 (MQ=255) 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1:226137/247‑3 (MQ=255) gCCGGTAGTGGTCCATTAGTCGGAGGTAACTTCGGTTTCGGAGGTGGATTCAATGGAAATCAAGGTGTATTACGTTTAGACGCAAAAGGTATTTCTGCGTTTATTAATGCCTTAGATAACCAAAGTAATGGTAAGGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCAGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATaa > 1:420350/1‑251 (MQ=255) tAGTGGTCCATTAGTCGGAGGTAACTTCGGTTTCGGAGGTGGATTCAATGGAAATCAAGGTGTATTACGTTTAGACGCAAAAGGTATTTCTGCGTTTATTAATGCCTTAGATAACCAAAGTAATGGTAAGGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCAGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGAGGTGAAATCCCATTTGCACAACGAGATAAAGATGGTTCGCCAACAATTATATATAAGGAg < 1:627781/250‑1 (MQ=255) gTCCATTAGTCGGAGGTAACTTCGGTTTCGGAGGTGGATTCAATGGAAATCAAGGTGTATTACGTTTAGACGCAAAAGGTATTTCTGCGTTTATTAATGCCTTAGATAACCAAAGTAATGGTAAGGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCAGGTGAAACt > 1:859420/1‑167 (MQ=255) 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1:398208/1‑218 (MQ=255) | CTTAGACAAATATCATTACGATGGTGTCGTTGATAACGCAAATATTGCCGATACAACCCAAATTAATGTGAAGCTTTCTGTTGTAGAGGTAAATAAAAAACTTTCTGAGGCAATGGGCATTAACTGGAGCCACGTTGCCGGTAGTGGTCCATTAGTCGGAGGTAACTTCGGTTTCGGAGGTGGATTCAATGGAAATCAAGGTGTATTACGTTTAGATGCGAAAGGTATTTCTGCCTTTATTAATGCTTTAGATAACCAAAGTAATGGTAAAGTTCTGGCCGAACCGAACATTTCTATGTTATCCGGTGAAACTGCCGATATCTTAGTGGGGGGAGAAATCCCATTTGCACAGCGGGATAGAGATGGTTCACCAACAATTATCTATAAGGAGTTTGGGATAAAACTCGCTGTTGCGGCTAAATTGCAAAAAAATAATCGTATTCGTTTAGCCTTAGATCAAACAGTAAGCACTATTGCAGGTAACTATAA > 1/1480528‑1481016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |