| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,480,075 | G→A | G20G (GGG→GGA) | unknown → | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,480,075 | 0 | G | A | 99.1% | 309.5 / NA | 110 | G20G (GGG→GGA) | unknown | Type II/IV secretion system secretin RcpA/CpaC, associated with Flp pilus assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (54/55); total (54/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ATTCCAAACAATCAAGAATATGCTGGTTATGTAGCACTAAAAATAACTGCTGAACAAGCAAAAAAATTCTATTCACTGGATAGAGAATCAAAGTTAGTTATATTACCTGCCGAAAATAATACTCAAGAAGTTGATTCACGCGGTGTATTCATCAGAAAATTAAGAGGTCAATAAGATGCAAAATTGGAATCATACTTTTGGCAAAAAACAATTAATATGCTGTGCAGTTCTCGGGGCAATGTTCTCATTAAATGCGTACGCACAAAATTTCTCTCTGGATAAAGGTGCAACCCAGTTGGTTCAAACAAAAGAAAAGATCGACACTATTTTCGTCTCTTCACCAAATATTGCCGACTATGAAATTTTAGACGACAACACCTTTATTATCTACGCAAAGGAGGAAGGTAGAACAGAAGTTACTGCTTTCGGAGCAGATGGTCGTCCCTTAACATCCGATACTGTTAATGTTGATT > 1/1479841‑1480313 | gctccaaatagtgaagtatatGCCGGTTATGTAGCATTAAAAATAACTGCTGAACAAGCTAAAAAATTCTATTCACTGGATAGAGAATCGAAGTTAGTCATATTACCTGTCGAAAATAATACTCAAGAAGTTGATTCACGCGGTGTATTCATCAGAAAATTAAGAGGTCAATAAGATGCAAAATTGGAATCATACTTTTGGCAAAAAACAATTGATATGCTGTGCAGTTCTCGGAGCAATGTTCTCATTaa > 1:155145/18‑251 (MQ=255)gctccaaatagtgaagtatatGCCGGTTATGTAGCATTAAAAATAACTGCTGAACAAGCTAAAAAATTCTATTCACTGGATAGAGAATCGAAGTTAGTCATATTACCTGTCGAAAATAATACTCAAGAAGTTGATTCACGCGGTGTATTCATCAGAAAATTAAGAGGTCAATAAGATGCAAAATTGGAATCATACTTTTGGCAAAAAACAATTGATATGCTGTGCAGTTCTCGGAGCAATGTTCTCATTaa > 1:75646/18‑251 (MQ=255) ccaaatagtgaagtatatGCCGGTTATGTAGCATTAAAAATAACTGCTGAACAAGCTAAAAAATTCTATTCACTGGATAGAGAATCGAAGTTAGTCATATTACCTGTCGAAAATAATACTCAAGAAGTTGATTCACGCGGTGTATTCATCAGAAAATTAAGAGGTCAATAAGATGCAAAATTGGAATCATACTTTTGGCAAAAAACAATTGATATGCTGTGCAGTTCTCGGAGCAATGTTCTCATTAAATg < 1:695876/237‑1 (MQ=255) atagtgaagtatatGCCGGTTATGTAGCATTAAAAATAACTGCTGAACAAGCTAAAAAATTCTATTCACTGGATAGAGAATCGAAGTTAGTCATATTACCTGTCGAAAATAATACTCAAGAAGTTGATTCACGCGGTGTATTCATCAGAAAATTAAGAGGTCAATAAGATGCAAAATTGGAATCATACTTTTGGCAAAAAACAATTGATATGCTGTGCAGTTCTCGGAGCAATGTTCTCATTAAATGCGTa < 1:92237/241‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |