| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 229,234 | C→A | A426S (GCC→TCC) | unknown ← | Chromosomal replication initiator protein DnaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 229,234 | 0 | C | A | 99.0% | 290.7 / NA | 103 | A426S (GCC→TCC) | unknown | Chromosomal replication initiator protein DnaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (54/48); minor base G (0/1); total (54/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TCTAAATCCGTACCGGTAATATTTAATTGATTATTTTCAATTTGCAGCAATACATTATTTAACACCGGAATATTCGGGCGGCTATTCAGCACGCCGCACACTTGTTGTAAGGGTTTTAGTAAATTTTCTCTGGAAATAATAAATTGCATCATATGACTCCTATACGGATAAAATTCGGATTAAGTTAGCCCAATCTTCTTGAATATTCGGATCGGTGTCGCGGAATCCTGCAATGGTGCGGCAGGCGTGTAAAACCGTGGTGTGATCACGATCGCCGAAGGACTTACCGATTTCCGGCAGGCTACGGTTGGTTAATTCTTTTGCCAATGCCATGGCGACCTGACGCGGACGTGCC‑‑‑‑‑ACCGAACGGGAACGGTTTTTGGATTTCAGATCGGAAACCTTAATGCGATAGTATTCGGCGACGACTTTTTGAATATTGTCCACGGTGACCAGTTTGTCCTGTAGCGCCAGCATATCTTTTAAGGT > 1/228989‑229468 | tCTAAATCCGTACCGGTAATATTTAATTGATTATTTTCAATTTGCAGCAATACATTATTTAACACCGGAATATTCGGGCGGCTATTCAGCACGCCGCACACTTGTTGTAAGGGTTTTAGTAAATTTTCTCTGGAAATAATAAATTGCATCATATGACTCCTATACGGATAAAATTCGGATTAAGTTAGCCCAATCTTCTTGAATATTCGGATCGGTGTCGCGGAATCCTGCAATGGTGCGGCAGGAGTGTa > 1:250151/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |