| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,479,408 | T→C | Y73Y (TAT→TAC) | unknown → | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,479,408 | 0 | T | C | 100.0% | 171.9 / NA | 60 | Y73Y (TAT→TAC) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (40/20); total (40/20) | |||||||||||
AGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAGTGCTTACGCTAGCGGTTGGCATTGGTGGCATTATGTTTATGCCAACATTTGACAATACTGAAAATCAACAAACAATAATAAATAATCAGCAGGTTCCGGAAGCTGAGAAAAAACCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAGTTAAAGAATGACGTAAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTATATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTAGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTATCCAACAAATCTATTATCTCTCCGAACGATCCTAGATTCTTTACATCCAGCCTAGATCCGAATCAAGAAGTTGCATATCGCATCTATGTTAAATCTGGTGATGATTACATT > 1/1479180‑1479654 | gtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTc > 1:623529‑M2/115‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |