| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,479,375 | A→G | V62V (GTA→GTG) | unknown → | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,479,375 | 0 | A | G | 100.0% | 163.2 / NA | 60 | V62V (GTA→GTG) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (36/24); total (36/24) | |||||||||||
TCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAGACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAGTGCTTACGCTAGCGGTTGGCATTGGTGGCATTATGTTTATGCCAACATTTGACAATACTGAAAATCAACAAACAATAATAAATAATCAGCAGGTTCCGGAAGCTGAGAAAAAACCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAGTTAAAGAATGACGTAAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTATATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTAGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTATCCAACAAATCTATTATCTCTCCGAACGATCCTAGATTCTTTACATCCAGCCTAGATCCGAATCA > 1/1479130‑1479608 | aattaattttgattgagcggaaactttactttgttaaaatttaattaagggtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCaa > 1:750939‑M2/165‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) ttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACaa < 1:774508‑M2/162‑1 (MQ=255) tttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCaa < 1:460218‑M2/87‑1 (MQ=255) tttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTa > 1:10872‑M2/83‑251 (MQ=255) 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1:235054‑M2/64‑251 (MQ=255) gttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAagag < 1:237051‑M2/173‑1 (MQ=255) gcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGc > 1:471454‑M2/59‑208 (MQ=255) cattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATtta < 1:883051‑M2/97‑1 (MQ=255) cattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGc < 1:278403‑M2/105‑1 (MQ=255) 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caatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCtttt > 1:133137‑M2/5‑251 (MQ=255) taaataaTCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAagag > 1:159570/1‑168 (MQ=255) taaataaTCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAagag < 1:286945/168‑1 (MQ=255) taaataaTCAGTCGGTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTaa > 1:106041/1‑213 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |