| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,479,322 | G→A | A45T (GCT→ACT) | unknown → | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,479,322 | 0 | G | A | 100.0% | 169.0 / NA | 60 | A45T (GCT→ACT) | unknown | Flp pilus assembly protein RcpC/CpaB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/23); total (37/23) | |||||||||||
ATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAGACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAGTGCTTACGCTAGCGGTTGGCATTGGTGGCATTATGTTTATGCCAACATTTGACAATACTGAAAATCAACAAACAATAATAAATAATCAGCAGGTTCCGGAAGCTGAGAAAAAACCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAGTTAAAGAATGACGTAAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTATATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTAGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTATCCAACAAATCTATTATC > 1/1479078‑1479561 | gccttatggcgtagcaataagccttggctttatgataaacatggctctatcaaattaattttgattgagcggaaactttactttgttaaaatttaattaagggtaaaaaatgaattacagaacgctcttgatcatttcagtgcttacgctagcggttggcattggtggcattatgtttatgccagcatttgacaatactgaaaatcaacaaacaatAATAATAAATAATCAGTCGGTTCCGGAAACTgaga > 1:896131‑M2/217‑251 (MQ=255) 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1:11954/9‑250 (MQ=255) cggTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTATCCAACAAATCTATTAtc < 1:665572/250‑1 (MQ=255) cggTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTATCCAACAAATCTATTAtc < 1:279032/250‑1 (MQ=255) gTTCCGGAAACTGAGAAAAAGCCGGAAAAGCTAATTTTAACTGCCGAATTAAAGAATGACGTGAGCAAAGGTCATTTATTACAGGCAGATGATTACATTTTAAATGAGATTTCTGTCCCTGAAGACAGTGCACTGGTCGACAATGACCTAAGAGAGGCTACGACTAAAAATGGTATTCAGGGATTACAAGGCTATTTAATGGCAGAAAATGTCAGAGCTGGTTCTTTTCTATCCAACAAATCTATTAtc < 1:105153/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |