| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,478,982 | C→G | D91E (GAC→GAG) | unknown → | Type IV prepilin peptidase TadV/CpaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,478,982 | 0 | C | G | 100.0% | 248.5 / NA | 86 | D91E (GAC→GAG) | unknown | Type IV prepilin peptidase TadV/CpaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (42/44); total (42/44) | |||||||||||
TCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGATTTTTACTGTTTTCTTTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGCTAGCCGTTCCAAGTGACGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTGAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAGACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAG > 1/1478738‑1479220 | tCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAAtt > 1:288435/1‑251 (MQ=255)tCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAAtt > 1:90960/1‑251 (MQ=255) ctggttactTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGCTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTcttctt > 1:845328/6‑251 (MQ=255) ggttactTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTa > 1:525459/4‑251 (MQ=255) ttATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACAtt > 1:898579/1‑251 (MQ=255) aTCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTg > 1:743509/1‑251 (MQ=255) aTCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAAGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACAt > 1:440929/1‑248 (MQ=255) cATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGAc < 1:291072/251‑1 (MQ=255) ttttcGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAatta < 1:644168/248‑1 (MQ=255) ttttcGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAatt < 1:283694/247‑1 (MQ=255) cggcttattaGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATtattat < 1:277779/247‑1 (MQ=255) cggcttattaGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATtattat < 1:267100/247‑1 (MQ=255) cggcttattaGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATtattat < 1:394029/247‑1 (MQ=255) gcttattaGTAATCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATc < 1:402791/248‑1 (MQ=255) cttattaGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCg < 1:580402/249‑1 (MQ=255) attaGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAatt > 1:697158/1‑240 (MQ=255) attaGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATtattat > 1:308585/1‑245 (MQ=255) attaGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCggttg > 1:608579/1‑251 (MQ=255) attaGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCggttg > 1:99649/1‑251 (MQ=255) tAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAGTTATTATCGGTTGGTTAt < 1:600010/251‑1 (MQ=255) gTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGtaa > 1:497297/1‑249 (MQ=255) cTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATtattat > 1:97165/1‑221 (MQ=255) cGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAg > 1:280236/1‑245 (MQ=255) tCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTacaac > 1:753498/1‑184 (MQ=255) tCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCggt > 1:696173/1‑215 (MQ=255) tCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGa > 1:827947/1‑251 (MQ=255) tCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGa > 1:826724/1‑251 (MQ=255) ttCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:110335/251‑1 (MQ=255) ttCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:815895/251‑1 (MQ=255) ttCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:769734/251‑1 (MQ=255) ttCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:127181/251‑1 (MQ=255) ttCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:561265/251‑1 (MQ=255) tCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGc < 1:656456/251‑1 (MQ=255) tattaAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTCGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:205104/244‑1 (MQ=255) attaAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCaa > 1:852896/1‑251 (MQ=255) atatCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAatt < 1:541929/181‑1 (MQ=255) atatCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATc < 1:827894/187‑1 (MQ=255) atatCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAg > 1:563679/1‑242 (MQ=255) gcTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGTCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGc < 1:668169/248‑1 (MQ=255) cTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCttt > 1:718166/1‑251 (MQ=255) aTCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAg > 1:579504/1‑208 (MQ=255) aTCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTAt > 1:39268/1‑251 (MQ=255) tCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:179622/226‑1 (MQ=255) cTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGa < 1:760276/251‑1 (MQ=255) aTTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCaa < 1:784945/226‑1 (MQ=255) aTTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACAt < 1:523917/251‑1 (MQ=255) ccTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:568591/211‑1 (MQ=255) cTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAAtt < 1:874701/187‑1 (MQ=255) tATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAatt > 1:152944/1‑152 (MQ=255) tATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGcc < 1:169970/222‑1 (MQ=255) tATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGc < 1:605452/221‑1 (MQ=255) tATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGctc < 1:281133/246‑1 (MQ=255) aTGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCaa > 1:180612/1‑215 (MQ=255) aTGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCaa > 1:577784/1‑251 (MQ=255) gTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATtattat < 1:859231/154‑1 (MQ=255) cTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTac > 1:85104/1‑119 (MQ=255) cTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg > 1:206620/1‑200 (MQ=255) cTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGc > 1:478321/1‑213 (MQ=255) attatCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTa > 1:270233/1‑175 (MQ=255) gtttttACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGc > 1:568390/2‑202 (MQ=255) cTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGcc > 1:884409/1‑196 (MQ=255) ttttCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAactttac < 1:568937/251‑1 (MQ=255) tttCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAAc > 1:690559/1‑209 (MQ=255) cTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGaa < 1:520630/151‑1 (MQ=255) cTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:102895/168‑1 (MQ=255) cTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCaa < 1:11944/176‑1 (MQ=255) ttCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAACTTTACTTTGTTAAAAtt < 1:659124/251‑1 (MQ=255) tCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg > 1:281136/1‑166 (MQ=255) ggTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGgaaac < 1:99456/228‑4 (MQ=255) gTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAACTTTACTTTGTTAAAATttaattaa > 1:273987/1‑251 (MQ=255) gTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAACTTTACTTTGTTAAAATttaattaa > 1:192442/1‑251 (MQ=255) atatTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGAc > 1:412613/1‑90 (MQ=255) atatTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATgg < 1:228207/151‑1 (MQ=255) atatTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAaatta < 1:624023/199‑1 (MQ=255) ttgcttCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTAc < 1:804268/251‑1 (MQ=255) gTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGc > 1:102771/1‑147 (MQ=255) gTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACa < 1:578548/166‑1 (MQ=255) aaTGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGcc < 1:885175/143‑1 (MQ=255) aaTGTTAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGc < 1:624958/142‑1 (MQ=255) atgttAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCaa > 1:32989/5‑136 (MQ=255) atgttAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAAttt > 1:859464/5‑180 (MQ=255) tgttAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATc < 1:400487/248‑1 (MQ=255) tAGCCGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCAtt > 1:148298/1‑251 (MQ=255) ccGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTc < 1:25454/250‑1 (MQ=255) cGTTCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAAACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAg < 1:55034/251‑1 (MQ=255) ttCCAAGTGAGGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTAAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCt > 1:618773/1‑138 (MQ=255) | TCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGATTTTTACTGTTTTCTTTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGCTAGCCGTTCCAAGTGACGAAATTTTTTCTTTTTTCTTCTTTACAACATTTGCCGGATTGGGACTAATTATTATCGGTTGGTTATTTTTCCGTGAATCAATTAAAGAAAACGGATTGCCTTATGGCGTAGCAATAAGCCTTGGCTTTATGATAAACATGGCTCTATCAAATTAATTTTGATTGAGCGGAGACTTTACTTTGTTAAAATTTAATTAAGGGTAAAAAATGAATTACAGAACGCTCTTGATCATTTCAG > 1/1478738‑1479220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |