| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,478,737 | G→A | V10I (GTC→ATC) | unknown → | Type IV prepilin peptidase TadV/CpaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,478,737 | 0 | G | A | 100.0% | 222.8 / NA | 82 | V10I (GTC→ATC) | unknown | Type IV prepilin peptidase TadV/CpaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (50/32); total (50/32) | |||||||||||
TTTTTCGTGTAAGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGCTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGAGGATAACAGCTTTATTAAGGCGTTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCTCTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGATAAAAAAATGAACTGGCTTATTAATACTTTAGTAGTCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGATTTTTACTGTTTTCTTTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGCTAGCCGTTCCAAGTGA > 1/1478504‑1478981 | ttcttCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGctctcgctgc < 1:2621/248‑7 (MQ=255) gtataggTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGctgctggtta > 1:482912/7‑247 (MQ=255) gTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTAt > 1:366220/1‑251 (MQ=255) tttACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCt < 1:858182/251‑1 (MQ=255) ttACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCta < 1:291182/251‑2 (MQ=255) aTCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGa > 1:311721/1‑250 (MQ=255) cTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCggctt > 1:674379/1‑248 (MQ=255) tCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGACCTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGcttat > 1:430098/1‑251 (MQ=255) gTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAAc < 1:462671/227‑1 (MQ=255) gTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCta > 1:857845/1‑217 (MQ=255) gTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAAc > 1:359386/1‑250 (MQ=255) tATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAAc < 1:724868/249‑1 (MQ=255) gggttAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACttt < 1:663397/205‑1 (MQ=255) ggttAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAAc < 1:500053/214‑1 (MQ=255) ggttAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGaatt > 1:779923/4‑248 (MQ=255) gttAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAAc > 1:152763/3‑216 (MQ=255) gCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGctgctgg > 1:215862/1‑192 (MQ=255) gTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCat > 1:261506/1‑251 (MQ=255) gTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCat > 1:85047/1‑251 (MQ=255) gTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGttt > 1:725234/1‑251 (MQ=255) ttAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTttatt < 1:843970/251‑1 (MQ=255) ggggATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTaaa > 1:572688/3‑248 (MQ=255) gggATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTTGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAatat > 1:750316/2‑251 (MQ=255) gggATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAAc > 1:663925/2‑169 (MQ=255) gggATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAatat > 1:394607/2‑251 (MQ=255) gggATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAatat > 1:104107/2‑251 (MQ=255) gATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTc > 1:367751/1‑219 (MQ=255) aaCAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAggc < 1:252038/251‑3 (MQ=255) ttattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTttatt > 1:520307/1‑232 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCAt < 1:98709/123‑1 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAAc < 1:338289/156‑1 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAAc > 1:40865/1‑156 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAg > 1:346725/1‑180 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGaattg > 1:713371/1‑187 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGt > 1:312297/1‑210 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTg > 1:866773/1‑251 (MQ=255) tattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTg > 1:156350/1‑251 (MQ=255) gattaAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTg > 1:18966/2‑251 (MQ=255) gtGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTccc < 1:463212/248‑1 (MQ=255) ggTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATg > 1:578120/1‑251 (MQ=255) aaGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTac < 1:8210/251‑1 (MQ=255) ttCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATATCGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTacac < 1:269642/250‑1 (MQ=255) ttCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTacac < 1:508286/250‑1 (MQ=255) gATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTttatta < 1:581467/204‑1 (MQ=255) gATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTc > 1:422692/1‑229 (MQ=255) gATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTtattat > 1:32452/1‑251 (MQ=255) tttAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCg > 1:287989/1‑251 (MQ=255) ccACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTc > 1:296583/1‑185 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTc > 1:197941/1‑167 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAata > 1:755739/1‑196 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATc < 1:235106/239‑1 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTa > 1:23506/1‑248 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTa > 1:124819/1‑248 (MQ=255) cactGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTaa < 1:288495/186‑1 (MQ=255) actGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCG‑TCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTc > 1:562427/2‑210 (MQ=255) aCGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGctgctgg > 1:565136/1‑89 (MQ=255) cGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTa < 1:144136/203‑1 (MQ=255) gTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCAt > 1:573738/1‑251 (MQ=255) aGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCAt < 1:640233/248‑1 (MQ=255) cAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTg < 1:81214/251‑1 (MQ=255) tAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGgag < 1:319394/251‑1 (MQ=255) tAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGgag < 1:879745/251‑1 (MQ=255) tAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGgag < 1:689030/251‑1 (MQ=255) aGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGgaga > 1:28355/1‑251 (MQ=255) aaGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTc > 1:609532/1‑183 (MQ=255) aaGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTacac > 1:186427/1‑198 (MQ=255) aaaTGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAgct < 1:591419/251‑1 (MQ=255) gataaaaaaTGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGc > 1:413250/4‑219 (MQ=255) aaaaTGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGt > 1:901598/1‑251 (MQ=255) gAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTaa > 1:279739/1‑251 (MQ=255) aCTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATg < 1:239420/251‑1 (MQ=255) aCTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATg < 1:153056/251‑1 (MQ=255) aCTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATg < 1:872160/251‑1 (MQ=255) ggCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCt < 1:787907/150‑1 (MQ=255) ggCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTa < 1:261526/156‑1 (MQ=255) ggCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATc > 1:804572/1‑182 (MQ=255) ggCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATgtta > 1:642253/1‑248 (MQ=255) gCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTCCACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAg > 1:454836/1‑251 (MQ=255) cTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTacac < 1:749089/162‑1 (MQ=255) cTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGt > 1:319621/1‑251 (MQ=255) ttAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAgc < 1:156002/217‑1 (MQ=255) ttAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGTTAGCCGTTCCAAGTGa > 1:838441/1‑251 (MQ=255) agtaatCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTACTGTTTTCTCTGCACTTCATAgg < 1:592526/198‑1 (MQ=255) | TTTTTCGTGTAAGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGCTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGAGGATAACAGCTTTATTAAGGCGTTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCTCTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGATAAAAAAATGAACTGGCTTATTAATACTTTAGTAGTCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGATTTTTACTGTTTTCTTTGCACTTCATAGGTGCAGGAGATATTAAGCTTGCTTCGGTGCTAATGCTAGCCGTTCCAAGTGA > 1/1478504‑1478981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |