| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,478,664 | T→A | S68T (TCT→ACT) | unknown → | Flp pilus assembly protein, pilin Flp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,478,664 | 0 | T | A | 100.0% | 201.6 / NA | 75 | S68T (TCT→ACT) | unknown | Flp pilus assembly protein, pilin Flp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (49/26); total (49/26) | |||||||||||
GAGCTATTCTACACTCTATATTAGAATTAATTATGATGGATTTACTGGATTACTTTTATCGTCAAGTAGTCTTTTTTTCGTGTAAGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGCTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGAGGATAACAGCTTTATTAAGGCGTTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCTCTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGATAAAAAAATGAACTGGCTTATTAATACTTTAGTAGTCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGATTTTTA > 1/1478431‑1478907 | gggctattctttgcttcattttgaaattaattATGATGGATTTACTGGATTACTTTTATCATCAAGTAGTCTTTTCTTCGTATAGGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGTTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGGGGATAACAGCTTTATTAAGGCAGTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAg > 1:880613/25‑250 (MQ=255) 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gATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTttatta < 1:581467/204‑1 (MQ=255) gATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTc > 1:422692/1‑229 (MQ=255) gATTTAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTtattat > 1:32452/1‑251 (MQ=255) tttAACGACCACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCg > 1:287989/1‑251 (MQ=255) ccACTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTc > 1:296583/1‑185 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTc > 1:197941/1‑167 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAata > 1:755739/1‑196 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATc < 1:235106/239‑1 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTa > 1:23506/1‑248 (MQ=255) cTGTCACTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGAT‑AAAAAATGAACTGGCTTATTAACGCTTTAGTAATCATAACGCTCTCGCTGCTGGTTACTTTATCTATAACTGACATTCGTTTTCGGCTTATTAGTAACCGAATTGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGGCTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGGTTTTTa > 1:124819/1‑248 (MQ=255) | GAGCTATTCTACACTCTATATTAGAATTAATTATGATGGATTTACTGGATTACTTTTATCGTCAAGTAGTCTTTTTTTCGTGTAAGTTTTACAGAAATCGACAAGGGATTACTTCTGTTGAGTATGGGCTAATTGCTGTGGCTATTGCTGTTTTTGTAGTCGCCGTTTTAGTCGAGGATAACAGCTTTATTAAGGCGTTGTCAGGTAAGTTCTCGGATTTAACGACCACTGTCTCTGACGCCATAGTTAGCAAAAGTAGCTAAGAAAAATGATAAAAAAATGAACTGGCTTATTAATACTTTAGTAGTCATAACGATCTTACTGCTGACTACTTTATCTGTAACTGACATTCGTTCTCGGATTATTAGTAACCGAGTCGTTTTGTTTCTGTTATTCGTCATTATTCCGTTCAGTTTATTAAAATATCAGACTATCTTTGTTATTCCCGCCTTATGTACACTTATTATCGGATTTTTA > 1/1478431‑1478907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |