| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 225,293 | G→A | T11I (ACT→ATT) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 225,293 | 0 | G | A | 94.1% | 74.5 / ‑3.0 | 34 | T11I (ACT→ATT) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (12/20); total (12/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
CTTTTGGGGAAAAGTCTGTTTGTTCCGGGATTTCAATCGCTTTCTTTTTCATCTTTGGCTTCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAATGCTTTTAGCCAATAAATGACGAGCGCGTGGGAGATTTTATGAAGTTTCGCCACCTCACGGATACCAAAATCCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTAAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCGGGTTTTGGGGTGCAGATCACTTTTTTGTTTCGGAAAGCGGATTATTTAATTACACCACACGCCATACGCGGACCGCCGCCGCCAAGTGGGGCCGGGTGATCGGAGTGGTTATCGCCACCAGCGTGGATCATGAGGGAGTGACCGCGCACGTCGTCTAAGTGTTTAATGCGTGGGGCTAAAACCGG > 1/225072‑225535 | cTTTTGGGGAAAAGTCTGTTTGTTCCGGGATTTCAATCGCTTTCTTTTTCATCTTTGGCTTCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAATGCTTTTAGCCAATAAATGACGAGCGAATGGGAGATTTTATGAAGTTTCGCCACCTCACGGATACCAAAATCCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTAAACGAAATTGGTAAGAGTAAGAc < 1:897128/251‑1 (MQ=18) 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cTGTTTGATAATTTCTAAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTTGGGGTGCAGATCACTTTTTTGTTTCGGAAAGCGGATTATTTAATTac < 1:524268/121‑1 (MQ=255) cTGTTTGATAATTTCTAAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGCCCAGGTTTTGGGGTGCAGATCACTTTTTTGTTTCGGAAAGCGGATTATTTAATTACACCACACGCCATACGCGGACCGCCGCCGCCAAGTGGGGCCGGGTGATCGGAGTGGTTATCGCCACCAGCGTGGATCATGAGGGAGTGACCGCGCACGTCGTCTAAGTGTTTAAt < 1:645318/235‑1 (MQ=255) gTTTGATAATTTCTAAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTTGGGGTGCAGATCACTTTTTTGTTTCGGAAAGCGGATTATTTAATTACACCACACGCCATACGCGGACCGCCGCCGCCAAGTGGGGCCGGGTGATCGGAGTGGTTATCGcc < 1:792451/182‑1 (MQ=255) gTTTGATAATTTCTAAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCAGGTTTTGGGGTGCAGATCACTTTTTTGTTTCGGAAAGCGGATTATTTAATTACACCACACGCCATACGCGGACCGCCGCCGCCAAGTGGGGCCGGGTGATCGGAGTGGTTATCGCCACCAGCGTGGATCATGAGGGAGTGACCGCGCACGTCGTCTAAGTGTTTAATGCGTGGGGCTAAAACCgg > 1:493246/1‑251 (MQ=255) | CTTTTGGGGAAAAGTCTGTTTGTTCCGGGATTTCAATCGCTTTCTTTTTCATCTTTGGCTTCACTATTTTAGGGCGTTGAGGGTTTATATAAGGGGATTTTACGCCATTAAGCCCTCTTTCACGAAATGCTTTTAGCCAATAAATGACGAGCGCGTGGGAGATTTTATGAAGTTTCGCCACCTCACGGATACCAAAATCCTGCTCGGTGACCTGTTTGATAGTTTTTAAACGAAATTGATAAGAGTAAGACATAATCTGCACCTCAAATTAGGTGTCCGGGTTTTGGGGTGCAGATCACTTTTTTGTTTCGGAAAGCGGATTATTTAATTACACCACACGCCATACGCGGACCGCCGCCGCCAAGTGGGGCCGGGTGATCGGAGTGGTTATCGCCACCAGCGTGGATCATGAGGGAGTGACCGCGCACGTCGTCTAAGTGTTTAATGCGTGGGGCTAAAACCGG > 1/225072‑225535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |