| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 217,600 | G→A | E200K (GAA→AAA) | unknown → | Cytochrome c‑type heme lyase subunit nrfE, nitrite reductase complex assembly |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 217,600 | 0 | G | A | 98.8% | 231.5 / NA | 85 | E200K (GAA→AAA) | unknown | Cytochrome c‑type heme lyase subunit nrfE, nitrite reductase complex assembly |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (40/44); total (40/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTTTTGTGGCGCAAAGTCTGGTGATTTTGGGGCTGATTTGCTTTAGTTTCGCCGTGTTTATCGTCTTTTTCTCTAATCCGTTCGGACGAATTTTCCCGGCGCCGTTGGAAGGGCGGGATTTGAATCCGATGTTGCAGGATGTCGGTTTGATTTTTCACCCGCCGTTGCTTTACCTCGGTTACGTGGGCTTTGCAGTGAATTTTGCCATCAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGGAACGCCAGATTGCTCAAATCATGCGGGCTTGGGTGTCGGTGTCATGGTTGTTTTTAACTTTGGGCATTGTGCTTGGCGCCTGGTGGGCGTATTACGAACTGGGCTGGGGAGGTTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAATGCGTCGCTCATGCCGTGGTTGCTCGGCTTGGCATTGTTGCACAGTTTAATCGTCAGCGAAAAACGCGGAATTTTTAATTACTGGACGACCTTATTTTCCTTG > 1/217360‑217842 | tcTTTTGTGGCGAAAAGTCTGGTGATTTTGGGGCTGTTTTGCTTTAGTTTCGCCGTGTTTATCGTCTTTTTCTCTAATCCGTTCGGACGAATTTTCCCGGCGCCGTTGGAAGGGCGGGATTTGAATCCGATGTTGCAGGATGTCGGTTTGATTTTTCCCCCGCCGTTGCTTTACCTCGGTTACGTGGGCTTTGCAGTGAATTTTGCCATCAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGAAACGCCAGAt < 1:521398/250‑1 (MQ=255) 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1:39060/1‑251 (MQ=255) ttttGAATCCGATGTTGCAGGATGTCGTTTTGATTTTTCACCCGCCGTTGCTTTACCTCGGTTACGTGGGCTTTGCAGTGAATTTTGCCATCAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGAAACGCCAGATTGCTCAAATCATGCGGGCTTGGGTGTCGGTGTCATGGTTGTTTTTAACTTTGGGCATTGTGCTTGGCGCCTGGTGGGCGTATTACGAACTGGGCTGGGGAGGTTGGTGGTTCTGGGa < 1:66040/249‑1 (MQ=255) aTTTGAATCCGTTGTTGCAGGATGTCGGTTTGTTTTTTCCCCCGCCGTTGCTTTACCTCGGTTACGTGGGCTTTGCAGTGAATTTTGCCATCAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGAAACGCCAGATTGCTCAAATCATGCGGGCTTGGGTGTCGGTGTCATGGTTGTTTTTAACTTTGGGCATTGTGCTTGGCGCCTGGTGGGCGTATTACGAACTGGGCTGGGGAGGTTGGTGGTTCTGGGa < 1:740728/250‑1 (MQ=255) aTTTGAATCCGATGTTGCAGGATGTCGGTTTGATTTTTCACCCGCCGTTGCTTTACCTCGGTTACGTGGGCTTTGCAGTGAATTTTGCCATCAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGAAACGCCAGATTGCTCAAATCATGCGGGCTTGGGTGTCGGTGTCATGGTTGTTTTTAACTTTGGGCATTGTGCTTGGCGCCTGGTGGGCGTATTACGAACTGGGCTGGGGAGGTTGGTGGTTCTGGGa < 1:131553/250‑1 (MQ=255) 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1:89808/1‑223 (MQ=255) gAATTTTGCCATCAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGAAACGCCAGATTGCTCAAATCATGCGGGCTTGGGTGTCGGTGTCATGGTTGTTTTTAACTTTGGGCATTGTGCTTGGCGCCTGGTGGGCGTATTACGAACTGGGCTGGGGAGGTTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAATGCGTCGCTCATGCCGTGGTTGCTCGGCTTGGCATTGTTGCACAGTTTAATCGTCAGCGAAAAAcgcg > 1:282260/1‑251 (MQ=255) aTTTTGCCATCAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGAAACGCCAGATTGCTCAAATCATGCGGGCTTGGGTGTCGGTGTCATGGTTGTTTTTAACTTTGGGCATtg < 1:642524/111‑1 (MQ=255) cAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGAAACGCCAGATTGCTCAAATCATGCGGGCTTGGGTGTCGGTGTCATGGTTGTTTTTAACTTTGGGCATTGTGCTTGGCGCCTGGTGGGCGTATTACGAAc < 1:784680/131‑1 (MQ=255) cAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGAAACGCCAGATTGCTCAAATCATGCGGGCTTGGGTGTCGGTGTCATGGTTGTTTTTAACTTTGGGCATTGTGCTTGGCGCCTGGTGGGCGTATTACGAACTGGGCTGGGGAGGTTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAATGCGTCGCTCATGcc < 1:19677/186‑1 (MQ=255) 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ACTTTTGTGGCGCAAAGTCTGGTGATTTTGGGGCTGATTTGCTTTAGTTTCGCCGTGTTTATCGTCTTTTTCTCTAATCCGTTCGGACGAATTTTCCCGGCGCCGTTGGAAGGGCGGGATTTGAATCCGATGTTGCAGGATGTCGGTTTGATTTTTCACCCGCCGTTGCTTTACCTCGGTTACGTGGGCTTTGCAGTGAATTTTGCCATCAGTATTACCGCCTTGCTTCATCAGCATTTGGAACGCCAGATTGCTCAAATCATGCGGGCTTGGGTGTCGGTGTCATGGTTGTTTTTAACTTTGGGCATTGTGCTTGGCGCCTGGTGGGCGTATTACGAACTGGGCTGGGGAGGTTGGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAATGCGTCGCTCATGCCGTGGTTGCTCGGCTTGGCATTGTTGCACAGTTTAATCGTCAGCGAAAAACGCGGAATTTTTAATTACTGGACGACCTTATTTTCCTTG > 1/217360‑217842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |