| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,472,845 | A→G | I214I (ATT→ATC) | unknown ← | Transcription‑repair coupling factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,472,845 | 0 | A | G | 98.8% | 236.6 / ‑4.9 | 84 | I214I (ATT→ATC) | unknown | Transcription‑repair coupling factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (35/48); total (36/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CTTGGTCTTGATTTTGCTCGGCGGTAGTAAACAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTAATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAATTTCATCATCAAAAAAATCTAAGCGAAAAGGCACCGCACTTCCCATCGGGAACAAATCCAACAACGCACCGCGCACCGCATATTCGCCATGTTCCAATACCTGCTCCACCGCACGATAACCCGCTTTTTCCAATTGTAGGCGAAGAGATTCGATGACAAAACGATCGCCTTTATTAATCAACA > 1/1472598‑1473089 | cTTGGGCTTGATTTTGCTCGGCGGTAATAAACAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAaattgatt < 1:788486/251‑1 (MQ=255)cTTGGGCTTGATTTTGCTCGGCGGTAATAAACAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAaattgatt < 1:554248/251‑1 (MQ=255) cTCGGCGGTAATAAACAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGc < 1:46354/250‑1 (MQ=255) gtaataAACAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAaattgatt < 1:489904/224‑1 (MQ=255) gtaataAACAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAaattgatt < 1:251601/224‑1 (MQ=255) gtaataAACAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACg > 1:536819/5‑251 (MQ=255) taataAACAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACg < 1:99145/247‑1 (MQ=255) 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aataAACAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACg > 1:525320/3‑249 (MQ=255) aaaCAGCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTggg < 1:676177/251‑1 (MQ=255) gCGTATTTACCGGAAAATAATTGAACAAGGTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAaattgatt < 1:511990/218‑1 (MQ=255) 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gTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAAttt > 1:743871/1‑250 (MQ=255) gTTGCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAAttt > 1:369879/1‑250 (MQ=255) gCCATTTGCTCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAg < 1:550503/229‑1 (MQ=255) tCAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAaattgatt < 1:648377/177‑1 (MQ=255) cAAAAAACAGCGGCTGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAg < 1:232679/219‑1 (MQ=255) tGCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAATTTCATCATCAAAAAAATCTAAGCGAAAAgg > 1:766632/1‑251 (MQ=255) gCCAATATTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATgg < 1:509586/213‑1 (MQ=255) 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atTCAATGCCCGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAATTTCATCATCAAAAAAATCTAAGCGAAAAGGCACCGCa > 1:135345/1‑251 (MQ=255) ccGCAGCCAGCGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAATTTCATCATCAAAAAAATCTAAGCGAAAAGGCACCGCACTTCCCATc < 1:70923/251‑1 (MQ=255) cagccagcGTGCCTTTGCTGACCTGTTGATAAATGTGTTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAATTTCATCATCAAAAAAATCTAAGCGAAAAGGCACCGCACTTccc > 1:869633/1‑245 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAATTTCATCATCAAAAAAATCTAAGCGAAAAGGCACCGCACTTCCCATCGGGAACAAATCCAACAACGCACCGCGCACCGCATAtt < 1:784355/250‑1 (MQ=255) tgtTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAATTTCATCATCAAAAAAATCTAAGCGAAAAGGCACCGCACTTCCCATCGGGAACAAATCCAACAACGCACCGCGCACCGCATAtt < 1:637918/250‑1 (MQ=255) tgtTCCGGATCCCGTCGAATTTCCCCGAATTCCGCCCGAAATTGGCTACGGAAAAATTCAATACCCGTGCTATCCGTCGGAAATTCATGTGCCGGCAATAAATTGATTTGGTCGATTTCCTGCAACGTACGCTGGGTGTCCACATCAAAAGTGCGAATGGAATCAATTTCATCATCAAAAAAATCTAAGCGAAAAGGCACCGCACTTCCCATCGGGAACAAATCCAACAACGCACCGCGCACCGCATAtt < 1:81705/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |