| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,395,368 | G→T | E90* (GAA→TAA) | unknown → | Galactose/methyl galactoside ABC transporter, ATP‑binding protein MglA (EC 3.6.3.17) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,395,368 | 0 | G | T | 98.8% | 213.4 / ‑3.4 | 81 | coding (268/348 nt) | unknown | Galactose/methyl galactoside ABC transporter, ATP‑binding protein MglA (EC 3.6.3.17) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (41/39); minor base . (1/0); total (42/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
AGTCAAAGCGGTGAAGTGCTGCTTACGATGAAGGATGTCAGTAAATCCTTTCCGGGCGTAAAAGCCTTAGATCAGGCGAATCTGACCGTCCGTTCACATTCTGTACACGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAAGAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAGGAATTGAATCTGGTGCGTCAGACCAGCGTAATGGATAACCTGTGACTCGGACGTTATCCGCTGAAAGGACCGTTTGTGGATCACGCCAAAATCTATCGTGATACCAAAGCCATTTTTGACGAGTTGGATATTGATATTGATCCGAAAGAAAAAGTGGCGAAACTTTCCGTTTCTCAAATGCAGATGATCGAAATTGCGAAAGCGTTT > 1/1395137‑1395610 | aGTCAAAGCGGTGAAGTGCTGCTTACGATGAAGGATGTCAGTAAATCCTTTCCGGGCGTAAAAGCCTTAGATCAGGCGAATCTGACCGTCCGTTCACATTCTGTACACGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCAt > 1:1309/1‑251 (MQ=255) cGGTGAAGTGCTGCTTACGATGAAGGATGTCAGTAAATCCTTTCCGGGCGTAAAAGCCTTAGATCAGGCGAATCTGACCGTCCGTTCACATTCTGTACACGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCAt < 1:398523/249‑1 (MQ=255) gTGCTGCTTACGATGAAGGATGTCAGTAAATCCTTTCCGGGCGTAAAAGCCTTAGATCAGGCGAATCTGACCGTCCGTTCACATTCTGTACACGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCa > 1:239291/1‑251 (MQ=255) ctgctTACGATGAAGGATGTCAGTAAATCCTTTCCGGGCGTAAAAGCCTTAGATCAGGCGAATCTGACCGTCCGTTCACATTCTGTACACGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAgg < 1:290952/250‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTACACGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTc > 1:593169/1‑152 (MQ=255) gTACACGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAGGAATTGAATCTGGTGCGTCAGACCAGCGTAATGGATAACCTGTGGCTCGGACGTTATCCGCTGAAAGGACCGTTTGTGGATCACg > 1:320052/1‑250 (MQ=255) gTACACGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAGGAATTGAATCTGGTGCGTCAGACCAGCGTAATGGATAACCTGTGGCTCGGACGTTATCCGCTGAAAGGACCGTTTGTGGATCACg > 1:91644/1‑250 (MQ=255) cGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAGGAATTGAATCTGGTg < 1:247808/175‑1 (MQ=255) 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tATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAGGAATTGAATCTGGTGCGTCAGACCAGCGTAATGGATAACCTGTGGCTCGGACGTTATCCGCTGAAAGGACCGTTTGTGGATCACGCCAAAATCTATCGTGATACCAAAGCCATTTTTGACGAGTTGGATATTGATATTGATCCgaaag < 1:832760/251‑1 (MQ=255) aaaGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAGGAATTGAATCTGGTGCGTCAGACCAGCGTAATGGATAACCTGTGGCTCGGACGTTATCCGCTGAAAGGACCGTTTGTGGATCACGCCAAAATCTATCGTGATACCAAAGCCATTTTTGACGAGTTGGATATTGATATTGATc > 1:747702/1‑235 (MQ=255) aGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAGGAATTGAATCTGGTGCGTCAGACCAGCGTAATGGATAACCt > 1:65915/1‑132 (MQ=255) ggCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAATAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAGGAATTGAATCTGGTGCGTCAGACCAGCGTAATGGATAACCTGTGGCTCGGACGTTATCCGCTGAAAGGACCGTTTGTGGATCACGCCAAAATCTATCGTGATACCAAAGCCATTTTTGACGAGTTGgatat < 1:346444/215‑1 (MQ=255) 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AGTCAAAGCGGTGAAGTGCTGCTTACGATGAAGGATGTCAGTAAATCCTTTCCGGGCGTAAAAGCCTTAGATCAGGCGAATCTGACCGTCCGTTCACATTCTGTACACGCATTGATGGGGGAAAACGGTGCGGGTAAATCCACACTGCTAAAATGTTTATTTGGTATTTATGCTAAAGATGAAGGCGATATTTTATTTTTAGGCAAGCCCGTTAACTTTAAAACCTCAAAAGAAGCCCTGGAAAACGGCATTTCCATGGTGCACCAGGAATTGAATCTGGTGCGTCAGACCAGCGTAATGGATAACCTGTGACTCGGACGTTATCCGCTGAAAGGACCGTTTGTGGATCACGCCAAAATCTATCGTGATACCAAAGCCATTTTTGACGAGTTGGATATTGATATTGATCCGAAAGAAAAAGTGGCGAAACTTTCCGTTTCTCAAATGCAGATGATCGAAATTGCGAAAGCGTTT > 1/1395137‑1395610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |