| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 170,862 | G→C | A410A (GCG→GCC) | unknown → | Uracil permease @ Uracil:proton symporter UraA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 170,862 | 0 | G | C | 99.2% | 312.0 / ‑3.4 | 119 | coding (1230/1254 nt) | unknown | Uracil permease @ Uracil:proton symporter UraA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (62/56); minor base . (1/0); total (63/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CCACCATTCCGACCATCGTGATGGGTGGCATCATGATGTTGGTGTTCGGTTCCATTGCGGTAGTAGGCATGAGCACCTTAATTCGCGCCAAAGTGGATGTTACCGAAGCGCGTAATTTGTGTATCATTGCGGTGGTAATGACCTTCGGTATCGGCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCGAAAAATGACACCCTTCAGGATTAAACGAAAATCCCATTGGCGGATATAAAAACGAGGATAAAAATATCCGCCAATGGCTTTCTAAATGAAAAAATTTCGTTTATTCTTACCGCACTTTCCTTCAGCATTTTTCGGTATTTGATTTGAGCGAGCCACATTTTCAACTTCCTTTGCCTATTCATCAGCTTGATGATGATACGTTGGAAAATTTCCATGCGGAAAATAATCAGCTGCTGCTCAATTC > 1/170615‑171106 | ccGACCATCGTGATGGGTGGCATCATGATGTTGGTGTTCGGTTCCATTGCGGTAGTAGGCATGAGCACCTTAATTCGCGCCAAAGTGGATGTTACCGAAGCGCGTAATTTGTGTATCATTGCGGTGGTAATGACCTTCGGTATCGGCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGacac < 1:744559/251‑1 (MQ=255) cGACCATCGTGATGGGTGGCATCATGATGTTGGTGTTCGGTTCCATTGCGGTAGTAGGCATGAGCACCTTAATTCGCGCCAAAGTGGATGTTACCGAAGCGCGTAATTTGTGTATCATTGCGGTGGTAATGACCTTCGGTATCGGCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGacac > 1:26862/1‑250 (MQ=255) cGACCATCGTGATGGGTGGCATCATGATGTTGGTGTTCGGTTCCATTGCGGTAGTAGGCATGAGCACCTTAATTCGCGCCAAAGTGGATGTTACCGAAGCGCGTAATTTGTGTATCATTGCGGTGGTAATGACCTTCGGTATCGGCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGACAcc < 1:498286/251‑1 (MQ=255) cGTGATGGGTGGCATCATGATGTTGGTGTTCGGTTCCATTGCGGTAGTAGGCATGAGCACCTTAATTCGCGCCAAAGTGGATGTTACCGAAGCGCGTAATTTGTGTATCATTGCGGTGGTAATGACCTTCGGTATCGGCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGACACCCTTCAgg < 1:150634/251‑1 (MQ=255) cGTGATGGGTGGCATCATGATGTTGGTGTTCGGTTCCATTGCGGTAGTAGGCATGAGCACCTTAATTCGCGCCAAAGTGGATGTTACCGAAGCGCGTAATTTGTGTATCATTGCGGTGGTAATGACCTTCGGTATCGGCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGACACCCTTCAgg < 1:492151/251‑1 (MQ=255) tGATGGGTGGCATCATGATGTTGGTGTTCGGTTCCATTGCGGTAGTAGGCATGAGCACCTTAATTCGCGCCAAAGTGGATGTTACCGAAGCGCGTAATTTGTGTATCATTGCGGTGGTAATGACCTTCGGTATCGGCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGACACCCTTCAGGAt < 1:533692/251‑1 (MQ=255) tGATGGGTGGCATCATGATGTTGGTGTTCGGTTCCATTGCGGTAGTAGGCATGAGCACCTTAATTCGCGCCAAAGTGGATGTTACCGAAGCGCGTAATTTGTGTATCATTGCGGTGGTAATGACCTTCGGTATCGGCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGACACCCTTCAGGAt < 1:41605/251‑1 (MQ=255) 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< 1:464046/250‑1 (MQ=255) ggCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGACACCCTTCAGGATTAAACGAAAATCCCATTGGCGGATATAAAAACGAGGATAAAAATATCCGCCAATGGCTTTCTAAATGAAAAAATTTCGTTTATTc < 1:516357/202‑1 (MQ=255) gCAATATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGACACCCTTCAGGATTAAACGAAAATCCCATTGGCGGATATAAAAACGAGGATAAAAATATCCGCCAATGGCTTTCTAAATGAAAAAATTTCGTTTATTCTTACCGCACTTTCCTTCAGCATTTTTCGGTATTTGATTTGAGCGAGCca > 1:236310/1‑250 (MQ=255) aaTATGTTCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGACACCCTTCAGGATTAAACGAAAATCCCATTGGCGGATATAAAAACGAGGATAAAAATATCCGCCAATg > 1:690265/1‑169 (MQ=255) tCGTTGATGTGGGTGGTGTTTCTTTAAAAGGAATCAGCCTGTGCGCCGTGGTGGCGATTATCTTGAATCTGGTATTGCCAAAAGCCAAAAATGACACCCTTCAGGATTAAACGAATATCCCATTGGCGGATATAAAAACGAGGATAAAAATATCCGCCAATGGc > 1:738363/1‑164 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |