| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,234,944 | C→T | A125V (GCT→GTT) | unknown → | UPF0053 inner membrane protein YgdQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,234,944 | 0 | C | T | 100.0% | 156.1 / NA | 59 | A125V (GCT→GTT) | unknown | UPF0053 inner membrane protein YgdQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (25/34); total (25/34) | |||||||||||
CGTCAACCGGGACGTATTATCGGTTTAACCTTGGCTATGGGAACCCGCATTTTACTGCTATTGACTCTTTCTTGGATGATACACCTTACCGAACCGCTCTTTGAGTTATTCGGCAAAGGCTTTTCCGGTCGGGATTTAATTTTATTTTTTGGTGGATTATTCTTAATTATAAAAAGTACTAACGAGATTCGTGAAGCCATGACACCACACACAGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGCTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATCATGGTGACCGCAATTGTCATTGCCGTTGGTATGATGATGTTCGCAGCCAAACCTATCGGCGATTTTGTTGAAAATCATCCGACATTTAAAATTTTAGCACTCGCCTTCCTGATCCTGATCGGTGTCACCTTAATTATCG > 1/1234700‑1235183 | cGTCAACCGGGACGTATTATCGGTTTAACCTTGGCTATGGGAACCCGCATTTTACTGCTATTGACTCTTTCTTGGATGATACACCTTACCGAACCGCTCTTTGAGTTATTCGGCAAAGGCTTTTCCGGTCGGGATTTAATTTTATTTTTTGGTGGATTATTCTTAATTATAAAAAGTACTAACGAGATTCGTGAAGCCATGACACCACACACAGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGttt > 1:162931/1‑251 (MQ=255) 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1:89621/227‑1 (MQ=255) ccTTACCGAACCGCTCTTTGAGTTATTCGGCAAAGGCTTTTCCGGTCGGGATTTAATTTTATTTTTTGGTGGATTATTCTTAATTATAAAAAGTACTAACGAGATTCGTGAAGCCATGACACCACACACAGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGatat < 1:568919/204‑1 (MQ=255) ctctTTGAGTTATTCGGCAAAGGCTTTTCCGGTCGGGATTTAATTTTATTTTTTGGTGGATTATTCTTAATTATAAAAAGTACTAACGAGATTCGTGAAGCCATGACACCACACACAGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATc > 1:98898/1‑249 (MQ=255) aTTCGGCAAAGGCTTTTCCGGTCGGGATTTAATTTTATTTTTTGGTGGATTATTCTTAATTATAAAAAGTACTAACGAGATTCGTGAAGCCATGACACCACACACAGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTTCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATCATGGTGACCGCaa > 1:296976/1‑251 (MQ=255) 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aaGTACTAACGAGATTCGTGAAGCCATGACACCACACACAGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATCATGGTGACCGCAATTGTCAt > 1:269238/1‑192 (MQ=255) gTACTAACGAGATTCGTGAAGCCATGACACCACACACAGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTaa > 1:470920/1‑90 (MQ=255) gTACTAACGAGATTCGTGAAGCCATGACACCACACACAGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATCATGGTGACCGCAATTGTCATTGCCGTTGGTATGATGATGTTCGCAGCCAAAc < 1:193235/222‑1 (MQ=255) ttCGTGAAGCCATGACACCACACACAGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATCATGGTGACCGCAATTGTCATTGCCGTTGGTatgatg < 1:36039/194‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) acacacaGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATCATGGTGACCGCAATTg < 1:753130/155‑1 (MQ=255) acacacaGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATCATGGTGACCGCAATTGTCATTGCCGTTGGTATGATGATGTTCGCAGCCAAACCTATCGGCGATTTTGTTGAAAATCATCCGACATTTAAAAtt < 1:495797/232‑1 (MQ=255) acacacaGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATCATGGTGACCGCAATTGTCATTGCCGTTGGTATGATGATGTTCGCAGCCAAACCTATCGGCGATTTTGTTGAAAATCATCCGACATTTAAAATTTTAGCACTCGCCTtcctga > 1:606393/1‑251 (MQ=255) caGAAGAAGAACATCACCAAATCAGCAAAAAAGTTAGTTTCCTCGGAGTATTAATTGAAATTGCCTTATTAGATATTGTTTTCTCGTTAGATTCTGTCATCACTGCCGTCGGCATAGTAAATCAAATCGAAATCATGGTGACCGCAATTGTCATTGCCGTTGGTATGATGATGTTCGCAGCCAAACCTATCGGCGATTTTGTTGAAAat < 1:543364/209‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |