| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,208,705 | A→G | F162L (TTT→CTT) | unknown ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,208,705 | 0 | A | G | 100.0% | 192.2 / NA | 68 | F162L (TTT→CTT) | unknown | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (30/38); total (30/38) | |||||||||||
CATTTGATCTATGCGTTGGCAGATTTTTAACGTACGTTCGATGATCTTTTCTTCAGGCTTCTCGGAATAAGGAAAGTAAGCGTTATCAAAGCAATACAAATAGTGATAGTCAGGCAAAAGTTGCTTAACCTCATGATAAACACTAAAGCCGCCGACGCCGGAATCAAAAAAAAGAATTGTGGGTTTTGTTTGAATGTCCATAATCAGTTTGATGGAAAAATTTGCGTCATTTTATTCGCTTATAAAGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGTGTTTGCTGAAATAGCCATTCGCCGATAGGTTTTTTGCCTAACATTGACAGTTCTTGGTGATAGACAAATAGCGTCTGGGGAATGAGCGTTCGAGCCTCGATCCAAGGTTTGCCGTCACCAAG > 1/1208460‑1208948 | cATTTGATCTATGCGTTGGCAGATTTTTAACGTACGTTCGATGATCTTTTCTTCAGGCTTCTCGGAATAAGGAAAGTAAGCGTTATCAAAGCAATACAAATAGTGATAGTCAGGCAAAAGTTGCTTAACCTCATGATAAACACTAAAGCCGCCGACGCCGGAATCAAAAAAAAGAATTGTGGGTTTTGCTTGAATGTCCATAATCAGTTTGATGGAAAAATTTGCGTCATTTTATTCGCTTATAAGGCGGt > 1:238542/1‑251 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cGTCATTTTATTCGCTTATAAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGCGTTTGCTGAAATAGCCATTCGCCGATAGGTTTTTTGCCTAACATTGACAGTTCTTGGTGATAGACAAATAGCGTCTGGGGAATGAGCGTTCGAGCCTCGATCCAAgg < 1:574927/250‑1 (MQ=255) cGTCATTTTATTCGCTTATAAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGCGTTTGCTGAAATAGCCATTCGCCGATAGGTTTTTTGCCTAACATTGACAGTTCTTGGTGATAGACAAATAGCGTCTGGGGAATGAGCGTTCGAGCCTCGATCCAAGGt < 1:217461/251‑1 (MQ=255) cTTATAAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGCGTTTGCTGAAATAGcc > 1:134162/1‑145 (MQ=255) cTTATAAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGCGTTTGCTGAAATAGcc > 1:712834/1‑145 (MQ=255) cTTATAAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGCGTTTGCTGAAATAGCCATTCGCCGATAGGTTTTTTGCCTAACATTGACAg < 1:888284/179‑1 (MQ=255) cTTATAAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGCGTTTGCTGAAATAGCCATTCGCCGATAGGTTTTTTGCCTAACATTGACAGTTCTTGGTGATAGACAAATAg > 1:808033/1‑200 (MQ=255) cTTATAAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGCGTTTGCTGAAATAGCCATTCGCCGATAGGTTTTTTGCCTAACATTGACAGTTCTTGGTGATAGACAAATAGCg > 1:308785/1‑202 (MQ=255) cTTATAAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGCGTTTGCTGAAATAGCCATTCGCCGATAGGTTTTTTGCCTAACATTGACAGTTCTTGGTGATAGACAAATAGCGTCTGGGGAATGAGCGTTCGAGCCTCGATCCAAGGTTTGCCGTCACCAAg > 1:846635/1‑251 (MQ=255) cTTATAAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGCGTTTGCTGAAATAGCCATTCGCCGATAGGTTTTTTGCCTAACATTGACAGTTCTTGGTGATAGACAAATAGCGTCTGGGGAATGAGCGTTCGAGCCTCGATCCAAGGTTTGCCGTCACCAAg > 1:684280/1‑251 (MQ=255) ataAGGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGAtt > 1:893899/1‑111 (MQ=255) | CATTTGATCTATGCGTTGGCAGATTTTTAACGTACGTTCGATGATCTTTTCTTCAGGCTTCTCGGAATAAGGAAAGTAAGCGTTATCAAAGCAATACAAATAGTGATAGTCAGGCAAAAGTTGCTTAACCTCATGATAAACACTAAAGCCGCCGACGCCGGAATCAAAAAAAAGAATTGTGGGTTTTGTTTGAATGTCCATAATCAGTTTGATGGAAAAATTTGCGTCATTTTATTCGCTTATAAAGCGGTTCTCAAGGAAAAGCTCGCTGATTAACATCGGTATGTTTTGGACCCAAAACAAGGAACGACGGGCATATAATCCGCTTTGAGGATCTTGCGCCCATTGGATTAACCGCCTTTGTGGTGTTTGCTGAAATAGCCATTCGCCGATAGGTTTTTTGCCTAACATTGACAGTTCTTGGTGATAGACAAATAGCGTCTGGGGAATGAGCGTTCGAGCCTCGATCCAAGGTTTGCCGTCACCAAG > 1/1208460‑1208948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |