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aTGCCGATGCGCGATGCCATGGTGTCCCATTCGCCCACTTTGCCTTGGTTGGACAGCCAGGAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACgg < 1:445163/230‑1 (MQ=255) ccGATGCGCGATGCCATGGTGTCCCATTCGCCCACTTTGCCTTGGTTGGACAGCCAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACG‑‑AAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGtata > 1:604850/1‑251 (MQ=255) tGCGCGATGCCATGGTGTCCCATTCGCCCACTTTGCCTTGGTTGGACAGCCAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAAc < 1:230584/251‑1 (MQ=255) 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1:669764/251‑1 (MQ=255) tGGTGTCCCATTCGCCCACTTTGCCTTGGTTGGACAGCCAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATcc < 1:403585/251‑1 (MQ=255) gtgtCCCATTCGCCCACTTTGCCTTGGTTGGACAGCCAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTaaaaa < 1:564556/181‑1 (MQ=255) gtgtCCCATTCGCCCACTTTGCCTTGGTTGGACAGCCAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATaa < 1:498719/236‑1 (MQ=255) 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cACTTTGCCTTGGTTGGACAGCCAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTccc < 1:35111/251‑1 (MQ=255) cTTTGCCTTGGTTGGACAGCCAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCg > 1:65555/1‑251 (MQ=255) tggttggACAGCCAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGATaa > 1:833230/1‑247 (MQ=255) ccAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGATAATTAACACGTAAtttt > 1:297295/1‑251 (MQ=255) cAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTAttg < 1:679045/72‑1 (MQ=255) ggTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAag < 1:233666/84‑1 (MQ=255) ggTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGt > 1:521979/1‑87 (MQ=255) ggTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCg < 1:136179/113‑1 (MQ=255) gTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATAc > 1:617140/1‑129 (MQ=255) 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gcgcCAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGATAATTAACACGTAATTTTGGTATTTCGGTTCGACg > 1:391175/1‑251 (MQ=255) ccAATTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGAt > 1:706431/1‑214 (MQ=255) aaTTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATcc < 1:305879/192‑1 (MQ=255) aaTTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGATAATTAACACGTAATTTTGGTATTTCGGTTCGACGTAAAc < 1:750652/251‑1 (MQ=255) aaTTTGGCGAGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGATAATTAACACGTAATTTTGGTATTTCGGTTCGACGTAAAc < 1:396031/251‑1 (MQ=255) aGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGATAATTAACACGTAATTTTGGTATTTCGGTTCGACGTAAACAATATccc < 1:142328/250‑1 (MQ=255) aGGGAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGATAATTAACACGTAATTTTGGTATTTCGGTTCGACGTAAACAATATcc < 1:327575/249‑1 (MQ=255) ggAGATAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGAt < 1:899632/201‑1 (MQ=255) gagaTAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAAc > 1:89098/1‑160 (MQ=255) agaTAATGTTGTCGGTGTAAACCGTTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGtat < 1:68943/164‑1 (MQ=255) | CGGGTGGGAGCCGATTAAATGCAACACGATTAATTTGGTTTGATCTTTGTCTTTATTTAATAGCTGTTTTAATGGTTCCAATAATGCCGTGTCCGGCGTATTGCCCGAATCGTAGCCGCCTTTTTTG‑GTGAAAAAGGATTCGTCCGCTTGAATGCCGATGCGCGATGCCATGGTGTCCCATTCGCCCACTTTGCCTTGGTTGGACAGCCAGTAGGTTTTGTAGTGCGCCAATTTGGCGAGGGAGATGATGTTGTCGGTGTAAACCATTTCTTCATTATTGTTGGTGGAACGATAAAGAGTGCGTTGTAAAGAAGGCTGAGTGTTCGGGCCCGCCGCCACATACAGATTAAAAATCAAGCCGTTCACTTGCTCTAAAAACGGCGTGGTTTTTTGCGGATAACCGTATAACGAGGTGTAATCCCGTCGCATACTCTCCCCGATAATTAACACGTAATTTTGGTATTTCGGTTCGACGTAAACAATATCCCAT > 1/163127‑163616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |