| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,183,802 | T→G | intergenic (‑144/+47) | unknown ← / ← unknown | Cold shock protein of CSP family => CspD (naming convention as in E.coli)/UPF0181 protein YoaH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,183,802 | 0 | T | G | 100.0% | 148.3 / NA | 52 | intergenic (‑144/+47) | unknown/unknown | Cold shock protein of CSP family => CspD (naming convention as in E.coli)/UPF0181 protein YoaH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (24/28); total (24/28) | |||||||||||
CACTGAATAATGTGCAAAGATATCGGTATCACTGCCTTCAACGGAAATAAAGCCAAATCCTTTTGCATTATTAAACCATTTAACAACACCAACTTCCATAATTCAAACCTCTTATGGTTTTTTAGTCCTTATAGAACTACATTTACTTCAATAAGACAAAATGCCCTATCACCTTGATTTGCTGGCAGTTATATTAAGTAAATTTGTTGGTTGCGCAATAAAAAAAGTCTCAAAATCAAACATAGATCACAAAAATTATTAAAATTTTGCTGCAAAAACACTTCAGCAATTACTTCTCTTTTGCTTTATCTGCCCGATTTTGTTCCCGTAACTTTTTTGCCACTAAAGCGATAGCCTCGCCGCTGCCCACGCCTTGCGCCATTAATTCCTGAATTTTTTCCACGGCAAGTTGCTGCTGTTCATGGGTTAAATGTAATAAATCGTTATCTAACATTGCATTTCCTTTATTATTTATACAAAAA > 1/1183560‑1184041 | cACTGAATAATGTGCAAAGATATCGGTATCACTGCCTTCAACGGAAATAAAGCCAAATCCTTTTGCATTATTAAACCATTTAACAACACCAACTTCCATAATTCAAACCTCTTATGGTTTTTTAGTCCTTATAGAACTACATTTACTTCAATAAGACAAAATGCCCTATCACCTTGATTTGCTGGCAGTTATATTAAGTAAATTTGTTGGTTGCGCAATAAAAAAAGTCTCAAAATCAAACAGAGATcaca < 1:221456/251‑1 (MQ=255) 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CACTGAATAATGTGCAAAGATATCGGTATCACTGCCTTCAACGGAAATAAAGCCAAATCCTTTTGCATTATTAAACCATTTAACAACACCAACTTCCATAATTCAAACCTCTTATGGTTTTTTAGTCCTTATAGAACTACATTTACTTCAATAAGACAAAATGCCCTATCACCTTGATTTGCTGGCAGTTATATTAAGTAAATTTGTTGGTTGCGCAATAAAAAAAGTCTCAAAATCAAACATAGATCACAAAAATTATTAAAATTTTGCTGCAAAAACACTTCAGCAATTACTTCTCTTTTGCTTTATCTGCCCGATTTTGTTCCCGTAACTTTTTTGCCACTAAAGCGATAGCCTCGCCGCTGCCCACGCCTTGCGCCATTAATTCCTGAATTTTTTCCACGGCAAGTTGCTGCTGTTCATGGGTTAAATGTAATAAATCGTTATCTAACATTGCATTTCCTTTATTATTTATACAAAAA > 1/1183560‑1184041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |