| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,169,915 | G→A | A311T (GCC→ACC) | unknown → | 2‑oxoglutarate/malate translocator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,169,915 | 0 | G | A | 98.9% | 231.5 / NA | 88 | A311T (GCC→ACC) | unknown | 2‑oxoglutarate/malate translocator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (36/51); total (36/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTTGGGCGCCATCGTACCGGGTGTGATTAGCCTCATTGTGTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAACAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCGCCTTTATCGGCTTAGTGATATTGCTGCTCACCAATATCATGAGTTGGAAAAACATCGTTGCAGAAACCACCGCGTGGGACACTATGTTTTGGTTTGCGGTTTTAGTGATGATGGCGAATGCACTCAATAAATACGGCGCTATTGCGTGGATTTCCAGCCACATTTCCTCTTCCGTTGGCGCGTTCAGTTGGCCGGTTGCCTTTACGATTTTAGTCTTGGTGTATTTTTACACCCGCTATTT > 1/1169678‑1170156 | tttttGGGCGCCATCGTACCGGGTGTGATTAGCCTCATTGTGTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCtt < 1:786466/251‑1 (MQ=255) tGGGCGCCATCGTACCGGGTGTGATTAGCCTCATTGTGTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCTTAGTg < 1:746161/251‑1 (MQ=255) ggCGCCATCGTACCGGGTGTGATTAGCCTCATTGTGTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCTTAGTGa < 1:877678/250‑1 (MQ=255) cgcCATCGTACCGGGTGTGATTAGCCTCATTGTGTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCTTAGTGatat < 1:477113/251‑1 (MQ=255) ccATCGTACCGGGTGTGATTAGCCTCATTGTGTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCTTCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCTTAGTGATATtg > 1:581849/1‑251 (MQ=255) ccATCGTACCGGGTGTGATTAGCCTCATTGTGTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCTTAGTGATATtg < 1:15070/251‑1 (MQ=255) ccATCGTACCGGGTGTGATTAGCCTCATTGTGTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCTTAGTGATATtg < 1:269765/251‑1 (MQ=255) 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tgtgTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCTTAGTGATATTGCTGCTCACCAATATCATGAGTTGGaaaa < 1:897552/251‑1 (MQ=255) gtgtTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCTTAGTGATATTGCTGCTCACCAATATCATGAGTTGGaaaaa > 1:417915/1‑251 (MQ=255) gtgtTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAGCAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCACCTTTATCGGCTTAGTGATATTGCTGCTCACCAATATCATGAGTTGGaaaaa > 1:341002/1‑251 (MQ=255) 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TTTTTGGGCGCCATCGTACCGGGTGTGATTAGCCTCATTGTGTTGCCGTATTTCGTCTATTTAATCTATCCGCCGGAACTCAAAGATACGCCGAAAATGGCAGAAATGGCGCGGGAAGAATTGCGTAACACGGGACCAATGAACAAAGCGGAATGGATCTTAGCGCTGGATTTCATCTTATTGTTGTTCTTATGGACAGTGGGCGATTTGATTTTCCATATTCCCGCAACCGTTTCCGCCTTTATCGGCTTAGTGATATTGCTGCTCACCAATATCATGAGTTGGAAAAACATCGTTGCAGAAACCACCGCGTGGGACACTATGTTTTGGTTTGCGGTTTTAGTGATGATGGCGAATGCACTCAATAAATACGGCGCTATTGCGTGGATTTCCAGCCACATTTCCTCTTCCGTTGGCGCGTTCAGTTGGCCGGTTGCCTTTACGATTTTAGTCTTGGTGTATTTTTACACCCGCTATTT > 1/1169678‑1170156 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |