| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,164,072 | T→G | intergenic (‑114/‑192) | unknown ← / → unknown | tRNA 4‑thiouridine synthase (EC 2.8.1.4) / Rhodanese‑like domain required for thiamine synthesis/Trimethylamine‑N‑oxide reductase associated c‑type cytochrome, TorY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,164,072 | 0 | T | G | 100.0% | 27.2 / NA | 12 | intergenic (‑114/‑192) | unknown/unknown | tRNA 4‑thiouridine synthase (EC 2.8.1.4) / Rhodanese‑like domain required for thiamine synthesis/Trimethylamine‑N‑oxide reductase associated c‑type cytochrome, TorY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (10/2); total (10/2) | |||||||||||
ATACGTTACGAATATTGCCGGTCAGAATTTTCACGAACCGTTTCCGCACGGATTCGCTTTTAATCATAATTTCAGGAAATAATTTGACGATAAATTTCATGTTAATTCACTTTTTAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACTATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCTCAAACATCGGAGTGATTCCATGTCAAAAACAAAAAAAATTATAACCGCACTTTGCCTGATGGGGCT > 1/1163859‑1164310 | aTACGTTACGAATATTGCCGGTCAGAATTTTCACGAACCGTTTCCGCACGGATTCGCTTTTAATCATAATTTCAGGAAATAATTTGACGATAAATTTCATGTTAATTCACTTTTTAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAgaaatgaaat > 1:523327/1‑251 (MQ=255) gAATATTGCCGGTCAGAATTTTCACGAACCGTTTCCGCACGGATTCGCTTTTAATCATAATTTCAGGAAATAATTTGACGATAAATTTCATGTTAATTCACTTTTTAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATTATATCg > 1:834662/1‑218 (MQ=255) tGTTAATTCACTTTTTAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATtat > 1:356477/1‑124 (MQ=255) tAATTCACTTTTTAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTg > 1:157798/1‑251 (MQ=255) aTTCACTTTTTAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGtatttatat > 1:94507/1‑217 (MQ=255) ttttAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGa > 1:387296/1‑215 (MQ=255) tATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCt > 1:51444/1‑250 (MQ=255) ttAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCTCaaa > 1:242020/1‑250 (MQ=255) aaTTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCTCAAACATCGGAGTGATTCCATg < 1:884860/251‑1 (MQ=255) tttAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCTCAAACATCGGAGTGATTCCATGTCAAAAACAAAAAAAATTATaa > 1:323273/1‑250 (MQ=255) atatataACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGtatttata < 1:229078/116‑1 (MQ=255) atatataACGATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCTCAAACATCGGAGTGATTCCATGTCAAAAACAAAAAAAATTATAACCGCACTTTGCCTGATGGGGCt > 1:894268/1‑248 (MQ=255) | ATACGTTACGAATATTGCCGGTCAGAATTTTCACGAACCGTTTCCGCACGGATTCGCTTTTAATCATAATTTCAGGAAATAATTTGACGATAAATTTCATGTTAATTCACTTTTTAACCCATAGAAAAATGGGGCGTATTTTAGCAGATAGCACAAAAATTACCATTGGCTCAAACTCCTTTTAAACCCTCTTAATATAAAAATATATATAACTATTGATTATATCGTAATTGTTATCACAGAAATGAAATTAATTTACTGATTTATAAGGAAATAAAGGAATTAATTTATTTTACTTGACTGAAATCAAAGTATTTATATTTAGATACACTAGAATCAACACTAACTCGTTGTAGTTATAAATTCCTTTTAGTTATTAAAACGCTCAAACATCGGAGTGATTCCATGTCAAAAACAAAAAAAATTATAACCGCACTTTGCCTGATGGGGCT > 1/1163859‑1164310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |