| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,151,628 | C→T | T502I (ACT→ATT) | unknown → | Autoinducer 2 (AI‑2) kinase LsrK (EC 2.7.1.‑) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,151,628 | 0 | C | T | 100.0% | 129.9 / NA | 52 | T502I (ACT→ATT) | unknown | Autoinducer 2 (AI‑2) kinase LsrK (EC 2.7.1.‑) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (35/17); total (35/17) | |||||||||||
GTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATTCGACCTTAGCCGAGGTGGGGGAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATACTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTGGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAACGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATACCGTAAAAAACATCGGTAAAACCCACCGCACTTTTATGCCACCGGTTCCGTTTGCATATACGTCAAGCGGTCGATGTCGGTGATGAAACGGCTGAGATCTTGTTCTTCCGGTTTGTGAATA > 1/1151392‑1151874 | gtttAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGGAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAAAAAt > 1:871066/4‑251 (MQ=255)gTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCTCAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAAt > 1:216211/1‑251 (MQ=255) gCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAAc < 1:245507/249‑1 (MQ=255) cAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGGAAAAACTGGGTAAATTTGAACGGCAACATCAAACGAATTCCGATAACTAAGGTTTTTACCAAGCTCAAAAAGCAAAATGGGCAGAAATTTATAAAAAACAATTACAACTgg > 1:78209/1‑251 (MQ=255) 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ccGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTAGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAATGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATACCGTAAAAAACATCGGTAAAAccc < 1:548765/249‑1 (MQ=255) ccGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTAGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAATGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATACCGTAAAAAACATCGGTAAAAccc < 1:822620/249‑1 (MQ=255) gggaaaaaaCTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTAGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAATGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATACCGTAAAAAACATCGGTAAAACCCACCGCACttt > 1:471575/5‑251 (MQ=255) 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GTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATTCGACCTTAGCCGAGGTGGGGGAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATACTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTGGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAACGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATACCGTAAAAAACATCGGTAAAACCCACCGCACTTTTATGCCACCGGTTCCGTTTGCATATACGTCAAGCGGTCGATGTCGGTGATGAAACGGCTGAGATCTTGTTCTTCCGGTTTGTGAATA > 1/1151392‑1151874 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |