| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,151,519 | T→C | S466P (TCG→CCG) | unknown → | Autoinducer 2 (AI‑2) kinase LsrK (EC 2.7.1.‑) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,151,519 | 0 | T | C | 100.0% | 168.4 / NA | 61 | S466P (TCG→CCG) | unknown | Autoinducer 2 (AI‑2) kinase LsrK (EC 2.7.1.‑) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (34/27); total (34/27) | |||||||||||
AAGCCGTATTATTCCGCGCCTTGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATTCGACCTTAGCCGAGGTGGGGGAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATACTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTGGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAACGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATACCGTAAAA > 1/1151274‑1151761 | aaGCCGTATTATTCCGCGCCTTGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGAcc < 1:572920/251‑1 (MQ=255) gCCGTATTATTCCGCGCCTTGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCtt > 1:530121/1‑251 (MQ=255) gTATTATTCCGCGCCTTGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAg > 1:747639/1‑250 (MQ=255) tattatTCCGCGCCTTGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGc < 1:75747/250‑1 (MQ=255) attattCCGCGCCTTGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCg > 1:353670/1‑251 (MQ=255) ttCCGCGCCTTGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAggc < 1:701153/251‑2 (MQ=255) ccTTGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCggggaaa > 1:414100/1‑248 (MQ=255) ttGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGAcc > 1:320805/1‑231 (MQ=255) gaagaaAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAAc < 1:751800/250‑1 (MQ=255) ttcttcCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAAtt < 1:482650/240‑1 (MQ=255) 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tctcAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGGCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATAc < 1:442103/251‑1 (MQ=255) aaaTTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACaa < 1:859423/251‑1 (MQ=255) aTTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAg > 1:774717/1‑251 (MQ=255) aaCCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGcac < 1:348556/251‑1 (MQ=255) ccATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGcac < 1:423088/246‑1 (MQ=255) ccATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATgg < 1:195019/251‑1 (MQ=255) aTTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGc < 1:824343/251‑1 (MQ=255) gTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAAtt < 1:158142/182‑1 (MQ=255) gTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAAcc < 1:407676/200‑1 (MQ=255) cTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATa < 1:864446/251‑1 (MQ=255) gtttAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGGAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAAAAAt > 1:871066/4‑251 (MQ=255) gTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCTCAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAAt > 1:216211/1‑251 (MQ=255) tCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGGAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCa > 1:400175/1‑209 (MQ=255) ggCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATAc < 1:728920/201‑1 (MQ=255) gCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAAc < 1:245507/249‑1 (MQ=255) cAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGGAAAAACTGGGTAAATTTGAACGGCAACATCAAACGAATTCCGATAACTAAGGTTTTTACCAAGCTCAAAAAGCAAAATGGGCAGAAATTTATAAAAAACAATTACAACTgg > 1:78209/1‑251 (MQ=255) gAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGGAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAAAAATTACAACTGGTTGATAGCg > 1:201116/1‑251 (MQ=255) 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1:678313/1‑251 (MQ=255) gcgcTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCCACATCAACCGAATCCCGATAACTATGc > 1:823838/1‑119 (MQ=255) gcgcTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAAc < 1:652220/100‑1 (MQ=255) gcgcTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGc > 1:820824/1‑119 (MQ=255) gcgcTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCa < 1:135464/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTtgtag > 1:125175/1‑205 (MQ=255) gcgcTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTAGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAATGATAAAAAAATCGTAgggggg > 1:831482/1‑251 (MQ=255) gggTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTtat > 1:280073/1‑154 (MQ=255) tGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAg < 1:250204/168‑1 (MQ=255) ccGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAAACCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACAGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTAGAAAGCACCAGGGGCGTAGCGAATGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGAttttt > 1:336902/1‑251 (MQ=255) gAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTAGAAGGCACCAGGGTTGTAGTGAATGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATAc < 1:253458/250‑1 (MQ=255) gAGTCGGCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTAGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAATGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATAc < 1:292046/250‑1 (MQ=255) gCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTAGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAATGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATACCGTaaaa > 1:194914/1‑251 (MQ=255) gCATTTATCCGACCTTAGCCGAGGCGGGGAAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAACTCACAAAGCACAAAGTGCAGATATTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTAGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAATGATAAAAAAATCGTATGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATACCGTaaaa > 1:551592/1‑251 (MQ=255) | AAGCCGTATTATTCCGCGCCTTGGAAGAAAATGCTGCTATCGTTTCTTCCTGCAATTTGGATCAGGTGCAAAAATTCTCAGGAGTTAAATTAACCTCCATTGTCTTTGCCGGCGGCGGGTCTAAAGGCAAATTATGGAGCCAGATCTTAGCCGATGTCACCGGATTAACGGTAAACATTCCGATTGTCAAAGAAGCTACAGCGCTGGGTTGTGCCATTGCCGCAGGCGTCGGAGTCGGCATTTATTCGACCTTAGCCGAGGTGGGGGAAAAACTGGTTAAATTTGAACGGCAACATCAACCGAATCCCGATAACTATGCTTTATACCAAGCTCACAAAGCACAATGGGCAGATACTTATAAAAAACAATTACAACTGGTTGATAGCGGATTAACTACTTCTTTGTGGAAGGCACCAGGGTTGTAGCGAACGATAAAAAAATCGTAGGGGGGACAACTCTCTACGATTTTTTGTTGATATACCGTAAAA > 1/1151274‑1151761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |