| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,141,724 | G→A | L97L (CTA→TTA) | unknown ← | ATPase provides energy for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex (VirB4) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,141,724 | 0 | G | A | 98.7% | 213.1 / NA | 79 | L97L (CTA→TTA) | unknown | ATPase provides energy for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex (VirB4) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (36/42); minor base T (1/0); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTAGCCTCTTTTGCCCATTGTTGCACCGTTTGAAGCATGCTCATTTGACGTTGACCGGCAGCTGCGGCATCAACAACCGGAATACCGCTGGCTTGTACCAATACCGGCATAGATAAAACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAACATTTTCATCACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATCGGAATCCAGTCATTAGCGGCTTCGCCGACTTCTTCGATAATTTGATGTAGGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCGGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCTACTTTGCGTGCAATCGGGTTAGGTAAACAAATGGTTGTTTCACATTCCTCAACTACCGCG > 1/1141486‑1141968 | gttttgcttctTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTGTAACATACTGATTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTAAAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGtt > 1:737734/9‑251 (MQ=255) ctTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTGTAACATACTGATTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACt < 1:644079/251‑1 (MQ=255) tttGCCCACTGTTGAACAGTTTGTAACATACTGATTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTgg < 1:598101/251‑1 (MQ=255) ctgttgaacagtttgtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGa > 1:728130/26‑251 (MQ=255) ctgttgaacagtttgtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGa > 1:135463/26‑251 (MQ=255) gttgaacagtttgtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGtt > 1:336742/24‑230 (MQ=255) gttgaacagtttgtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTgg < 1:133564/218‑1 (MQ=255) gttgaacagtttgtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGt > 1:84945/24‑242 (MQ=255) gttgaacagtttgtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAAt > 1:20359/24‑251 (MQ=255) gttgaacagtttgtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAAt > 1:34751/24‑251 (MQ=255) gtttgtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTg > 1:430051/16‑218 (MQ=255) gtttgtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGt > 1:580475/16‑251 (MQ=255) gtaacatactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGtttt > 1:773688/12‑250 (MQ=255) atactgaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGc > 1:571004/7‑250 (MQ=255) gaTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGt < 1:471331/206‑1 (MQ=255) aTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAAc < 1:443052/251‑1 (MQ=255) aTTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAAc < 1:655629/251‑1 (MQ=255) accATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAg < 1:279456/249‑1 (MQ=255) ccATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAAc < 1:208441/226‑1 (MQ=255) ccATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACtt < 1:262707/242‑1 (MQ=255) cATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGc < 1:372885/251‑1 (MQ=255) caactaCCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAgg > 1:280069/1‑247 (MQ=255) ctacCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGttt > 1:149322/3‑250 (MQ=255) tacCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCg < 1:842939/250‑1 (MQ=255) ccGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATcc > 1:874890/1‑177 (MQ=255) ccGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAg > 1:56737/1‑251 (MQ=255) tACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCttt > 1:897662/1‑251 (MQ=255) ctagCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGc < 1:329409/247‑1 (MQ=255) agCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCa > 1:72966/2‑249 (MQ=255) ccGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACggg < 1:564945/250‑1 (MQ=255) gtaTAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAAc > 1:371586/3‑187 (MQ=255) gtaTAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGc > 1:267966/3‑212 (MQ=255) agacaagaCAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGt > 1:187684/8‑251 (MQ=255) gCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAg < 1:691146/157‑1 (MQ=255) gCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTa > 1:35442/1‑229 (MQ=255) cAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGtgcgtaaagggctcgaaac < 1:750249/245‑19 (MQ=255) cAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAAtt < 1:451251/247‑1 (MQ=255) gTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCaaa > 1:184391/1‑251 (MQ=255) ttCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGa > 1:624481/1‑251 (MQ=255) ttCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCGCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAAc < 1:416843/251‑1 (MQ=255) ttCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAAc < 1:880424/251‑1 (MQ=255) tcCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTTACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAATCCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAAc < 1:284257/248‑1 (MQ=255) tcCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAAc < 1:532746/248‑1 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAAc < 1:119159/133‑1 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATc > 1:744903/1‑143 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAAc < 1:873780/147‑1 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCt < 1:337497/153‑1 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAAt < 1:393963/225‑1 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCAt > 1:280177/1‑250 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCAt > 1:701495/1‑250 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCAt > 1:869660/1‑250 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACACCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAAAAAGTACGGGaa < 1:62856/195‑1 (MQ=255) ccTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTGCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGttt < 1:430370/163‑1 (MQ=255) cTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTc < 1:696031/208‑1 (MQ=255) cTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAAc > 1:18203/1‑246 (MQ=255) ataCACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCcaca > 1:649929/1‑251 (MQ=255) taCACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACAt < 1:144466/251‑1 (MQ=255) aaCGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATTCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATcc < 1:445174/251‑2 (MQ=255) gttgttTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGaa < 1:466110/172‑1 (MQ=255) gttgttTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATcc < 1:86257/248‑2 (MQ=255) gttTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAAc > 1:459239/1‑231 (MQ=255) gttTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTg > 1:376801/1‑251 (MQ=255) attggAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAAcc < 1:486208/107‑1 (MQ=255) attggAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAAt > 1:128730/4‑251 (MQ=255) aaTCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGt < 1:839225/251‑1 (MQ=255) tCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTa < 1:730905/251‑1 (MQ=255) aatCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTAGGt < 1:553512/249‑1 (MQ=255) tCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAg < 1:419388/81‑1 (MQ=255) cATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCTTTAATTTGATGTATGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGTTTTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGTGCCCTTTACGCACTAAGAAAGtctg > 1:708177/1‑151 (MQ=255) ttAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTAGGTAAACa < 1:178652/251‑1 (MQ=255) cTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTAGGTAAACAAATGgtt < 1:632697/251‑1 (MQ=255) tCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGaa > 1:130807/1‑197 (MQ=255) cttcttCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTAGGTAAACAAATGGTTGTTTCACAt > 1:659899/1‑251 (MQ=255) cttcttCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTAGGTAAACAAATGGTTGTTTCACAt < 1:164158/251‑1 (MQ=255) cttcAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCggg < 1:61151/213‑3 (MQ=255) aTAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTAGGTAAACAAATGGTTGTTTCACATTGCTCAAc < 1:871563/251‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTAGGTAAACAAATGGTTGTTTCACAt > 1:633343/1‑241 (MQ=255) aTTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTAGGTAAACAAATGGTTGTTTCACATTGCTCAACTAc < 1:807295/251‑1 (MQ=255) gATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCTGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCCACTTTGCGGGCAATCGGGTTAGGTAAACAAATGGTTGTTTCACATTGCTCAACTACcgcg > 1:672786/1‑251 (MQ=255) | GTTTAGCCTCTTTTGCCCATTGTTGCACCGTTTGAAGCATGCTCATTTGACGTTGACCGGCAGCTGCGGCATCAACAACCGGAATACCGCTGGCTTGTACCAATACCGGCATAGATAAAACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAACATTTTCATCACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATCGGAATCCAGTCATTAGCGGCTTCGCCGACTTCTTCGATAATTTGATGTAGGATTTCTGCGTTATCCTTACTGGTTGACAGAATTTTTAAGTTTTCACGCCCTAAACCGCTTAAATCTAACTTAGCTAAGGCGGTTTCGAGCCCTTTACGCACTAAGAAAGTACGGGAATCCGGTTGTAATTCACGGATAATTTCAAATTGTTTTTCGCTGATTCCGAAACCATCCACATAATCTACTTTGCGTGCAATCGGGTTAGGTAAACAAATGGTTGTTTCACATTCCTCAACTACCGCG > 1/1141486‑1141968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |