| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,141,511 | C→A | V43V (GTG→GTT) | unknown ← | Minor pilin of type IV secretion complex, VirB5 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,141,511 | 0 | C | A | 100.0% | 152.3 / NA | 57 | V43V (GTG→GTT) | unknown | Minor pilin of type IV secretion complex, VirB5 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (25/32); total (25/32) | |||||||||||
GCTTTTAGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAGCCATTTATTTCACCATACAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCTGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCTTTCAGCTCATTTTTATAATGCGAAACTGTATCCGTCCACTGTTTAGCCTCTTTTGCCCATTGTTGCACCGTTTGAAGCATGCTCATTTGACGTTGACCGGCAGCTGCGGCATCAACAACCGGAATACCGCTGGCTTGTACCAATACCGGCATAGATAAAACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAACATTTTCATCACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATCGGAATCCAGTCATTAGCGGCTTCGCCGACTTCTTCGATAATTTGATGTAGGATTTCTGCGTTATCCTTACTGG > 1/1141277‑1141747 | gCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTgtaac < 1:85713/247‑5 (MQ=255)gCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTgtaac < 1:707896/247‑5 (MQ=255) cTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTgtaacata > 1:737084/1‑242 (MQ=255) tggCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTgtaacatactgatt < 1:889212/249‑14 (MQ=255) 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GCTTTTAGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAGCCATTTATTTCACCATACAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCTGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCTTTCAGCTCATTTTTATAATGCGAAACTGTATCCGTCCACTGTTTAGCCTCTTTTGCCCATTGTTGCACCGTTTGAAGCATGCTCATTTGACGTTGACCGGCAGCTGCGGCATCAACAACCGGAATACCGCTGGCTTGTACCAATACCGGCATAGATAAAACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAACATTTTCATCACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATCGGAATCCAGTCATTAGCGGCTTCGCCGACTTCTTCGATAATTTGATGTAGGATTTCTGCGTTATCCTTACTGG > 1/1141277‑1141747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |