| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | 1 | 1,141,505 | T→C | Q45Q (CAA→CAG) | unknown ← | Minor pilin of type IV secretion complex, VirB5 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,141,505 | 0 | T | C | 100.0% | 161.0 / NA | 57 | Q45Q (CAA→CAG) | unknown | Minor pilin of type IV secretion complex, VirB5 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (25/32); total (25/32) | |||||||||||
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gttttgcttctTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTGTAACATACTGATTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTAAAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGtt > 1:737734/9‑251 (MQ=255) ctTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTGTAACATACTGATTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACt < 1:644079/251‑1 (MQ=255) tttGCCCACTGTTGAACAGTTTGTAACATACTGATTTGCCGTTGACCTGCAGCAGCACCATCAACTACCGGAATACCGCTAGCTTGAACTAATGCCGGTATAGACAAGACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAAGATTTTCATTACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATTGGAATCCAATCATTAGCGGCTTCGCCAACTTCTTCAATAATTTGATGTAAGATTTCTGCGTTATCCTTACTgg < 1:598101/251‑1 (MQ=255) | GTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTAGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAGCCATTTATTTCACCATACAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCTGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCTTTCAGCTCATTTTTATAATGCGAAACTGTATCCGTCCACTGTTTAGCCTCTTTTGCCCATTGTTGCACCGTTTGAAGCATGCTCATTTGACGTTGACCGGCAGCTGCGGCATCAACAACCGGAATACCGCTGGCTTGTACCAATACCGGCATAGATAAAACAGCAATTAAAGTGAGTTTTTTAAACATTTTCATCACGTTCTCCTTATACACAACGTTGTTTATAAATCGGAATCCAGTCATTAGCGGCTTCGCCGACTTCTTCGATAATTTGATGTAGGATTTCTGCGTTATCCTTACTGG > 1/1141259‑1141747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |