| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,141,283 | A→G | A119A (GCT→GCC) | unknown ← | Minor pilin of type IV secretion complex, VirB5 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,141,283 | 0 | A | G | 100.0% | 225.0 / NA | 78 | A119A (GCT→GCC) | unknown | Minor pilin of type IV secretion complex, VirB5 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (39/39); total (39/39) | |||||||||||
GCAATGCGGCCAACTGCACGTCCATTGCATTTTTTAAGTCCTGGCTTTCTTTTACATCGTTTGATTTCGCCATACGATTAGCTAACTTATCAATTGCTTTAAGTTTGCTATTGACATTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTTTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAGGAAGTAATTTCACCTTGACGTAAATTCTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTAGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAGCCATTTATTTCACCATACAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCTGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCTTTCAGCTCATTTTTATAATGCGAAACTGTATCCGTCCACTGTTTAGCCTCTTTTGCCCATTGTTGCACCGTTTGAAGCATG > 1/1141036‑1141526 | gCAATGCGGCCAACTGCACGTCCATTGCATTTTTTAAGTCCTGGCTTTCTTTGACATCTTGAGATTTTGTCATCCGTTTAGCGAGTTTATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCa > 1:827840/1‑251 (MQ=255) gCGGCCAACTGCACGTCCATTGCATTTTTTAAGTCCTGGCTTTCTTTGACATCTTGAGATTTTGTCATCCGTTTAGCGAGTTTATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTcg > 1:405385/1‑250 (MQ=255) cGGCCAACTGCACGTCCATTGCATTTTTTAAGTCCTGGCTTTCTTTGACATCTTGAGATTTTGTCATCCGTTTAGCGAGTTTATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTcgcg < 1:746470/251‑1 (MQ=255) cAACTGCACGTCCATTGCATTTTTTAAGTCCTGGCTTTCTTTGACATCTTGAGATTTTGTCATCCGTTTAGCGAGTTTATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTa > 1:671825/1‑251 (MQ=255) cTGCACGTCCATTGCATTTTTTAAGTCCTGGCTTTCTTTGACATCTTGAGATTTTGTCATCCGTTTAGCGAGTTTATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAATGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATg > 1:447650/1‑251 (MQ=255) gCATTTTTTAAGTCCTGGCTTTCTTTGACATCTTGAGATTTTGTCATCCGTTTAGCGAGTTTATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCAc > 1:482867/1‑250 (MQ=255) ttttAAGTCCTGGCTTTCTTTGACATCTTGAGATTTTGTCATCCGTTTAGCGAGTTTATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGaaa > 1:805680/1‑251 (MQ=255) tCCTGGCTTTCTTTGACATCTTGAGATTTTGTCATCCGTTTAGCGAGTTTATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAAt < 1:58629/250‑1 (MQ=255) cgtttagcgagtttATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCatttat > 1:673838/13‑251 (MQ=255) cgagtttATCAATAGTTTTCAATTTACTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCAcc < 1:690135/245‑1 (MQ=255) atcaatagttttcaatttacTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAGATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAAc < 1:812671/232‑1 (MQ=255) atcaatagttttcaatttacTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAAc < 1:299863/232‑1 (MQ=255) atcaatagttttcaatttacTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTGGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAAc < 1:426661/232‑1 (MQ=255) caatagttttcaatttacTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTa < 1:850073/234‑1 (MQ=255) caatagttttcaatttacTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTa < 1:329674/234‑1 (MQ=255) tagttttcaatttacTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATgc < 1:757994/237‑1 (MQ=255) gttttcaatttacTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCg < 1:607727/159‑1 (MQ=255) gttttcaatttacTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATgcg > 1:719511/13‑250 (MQ=255) tcaatttacTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCAc < 1:96845/223‑1 (MQ=255) acTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAAc > 1:675182/2‑233 (MQ=255) cTATTGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCatttat < 1:211021/218‑1 (MQ=255) ttGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCATCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGc < 1:441807/251‑1 (MQ=255) tGACGTTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCt < 1:600379/251‑1 (MQ=255) cgttACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATgc > 1:487590/3‑230 (MQ=255) ttACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTAc < 1:412725/251‑1 (MQ=255) ttACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTAc < 1:548180/251‑1 (MQ=255) cTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTc < 1:263973/209‑1 (MQ=255) ttCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCAc < 1:317149/251‑1 (MQ=255) aaTCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACTATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACt > 1:357477/1‑211 (MQ=255) aaTCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATat < 1:254252/206‑2 (MQ=255) aaTCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTa < 1:34871/212‑1 (MQ=255) aaTCTAAGAAGCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTccg > 1:632917/1‑250 (MQ=255) aagaagCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTc < 1:665406/194‑1 (MQ=255) agCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCGCCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAg > 1:325610/1‑251 (MQ=255) agCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAAc < 1:372749/201‑1 (MQ=255) agCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAg > 1:306939/1‑251 (MQ=255) agCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAg > 1:603477/1‑251 (MQ=255) gCTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCGCAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAgg > 1:32216/1‑251 (MQ=255) cTCATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTAc > 1:895558/1‑227 (MQ=255) cATACTCTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTa > 1:495735/1‑251 (MQ=255) actctCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAAc > 1:587004/5‑194 (MQ=255) ctctCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTg < 1:59247/248‑1 (MQ=255) ctctCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTg < 1:350774/248‑1 (MQ=255) ctCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATgcgc > 1:427095/2‑198 (MQ=255) ctCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCcggtc > 1:830797/2‑235 (MQ=255) ctCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGt > 1:724952/2‑251 (MQ=255) ctCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGt > 1:728930/2‑251 (MQ=255) gTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCGCCATATAAAc < 1:86324/184‑1 (MQ=255) gTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTgg > 1:816596/1‑243 (MQ=255) gTGGAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATa > 1:854013/1‑251 (MQ=255) ggAAACAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACg > 1:92052/1‑251 (MQ=255) aaaCAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGcc < 1:639592/251‑2 (MQ=255) aaaCAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGcc < 1:234735/251‑2 (MQ=255) aaaCAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGc < 1:515667/250‑1 (MQ=255) aaaCAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGc > 1:42943/1‑250 (MQ=255) cAATATTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGccttg > 1:656982/1‑247 (MQ=255) atatTTGCTTCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGccttgag < 1:358342/251‑7 (MQ=255) tCACAAGAAGTGATTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAAc < 1:674913/166‑1 (MQ=255) gtgaTTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATgaga > 1:142724/4‑248 (MQ=255) gaTTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCatttattt > 1:509456/2‑143 (MQ=255) gaTTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAAc > 1:760279/2‑155 (MQ=255) gaTTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATgagata > 1:350373/2‑246 (MQ=255) gaTTTCACCTTGACGCAAATTTTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATgagata > 1:239945/2‑246 (MQ=255) tttttACAACGGTCAAAAAGGCTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAAt > 1:148862/4‑85 (MQ=255) ggTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCAcc > 1:420943/1‑139 (MQ=255) gTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTg > 1:897788/1‑251 (MQ=255) gTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCATTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCActgt < 1:492531/250‑1 (MQ=255) tATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCActgttgaac < 1:253734/251‑4 (MQ=255) tATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCActgttgaac < 1:808919/251‑4 (MQ=255) tATTTTTCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCActgttgaac < 1:422696/251‑4 (MQ=255) tttttCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTGCATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCActgttgaacag < 1:889162/251‑6 (MQ=255) ttttCAAACAGGCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCActgttgaacagt > 1:740101/1‑245 (MQ=255) ggCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTAc < 1:192639/127‑1 (MQ=255) ggCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGttttgctt > 1:827483/1‑214 (MQ=255) gCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATg < 1:393345/189‑1 (MQ=255) gCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTgtaac < 1:707896/247‑5 (MQ=255) gCTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTgtaac < 1:85713/247‑5 (MQ=255) cTTTTGGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAACCATTTATTTCACCATATAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCGGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCCTTGAGTTCGTTTTTGTAATGAGATACGGTTTCTGTCCATTGTTTTGCTTCTTTTGCCCACTGTTGAACAGTTTgtaacata > 1:737084/1‑242 (MQ=255) | GCAATGCGGCCAACTGCACGTCCATTGCATTTTTTAAGTCCTGGCTTTCTTTTACATCGTTTGATTTCGCCATACGATTAGCTAACTTATCAATTGCTTTAAGTTTGCTATTGACATTACTTTCAAACGAATCTAAGAAGCTCATACTTTCCACGGTGGAAACAATATTTGCTTCACAGGAAGTAATTTCACCTTGACGTAAATTCTTACAACGGTCAAAAAGGTTGTATTTTTCAAACAGGCTTTTAGCATTCGCGCTTAATGCGTTTTTCCCACCGGAAACTAAATCGATTACCGGGGTAAACTCCGATTTTAAGCCATTTATTTCACCATACAAACTATGCGCTTCACCAATAAAGGCTTGTACATCACGAATTCCTGTCTGTGAGGCTAATTGGTCGGCATACGCTTTCAGCTCATTTTTATAATGCGAAACTGTATCCGTCCACTGTTTAGCCTCTTTTGCCCATTGTTGCACCGTTTGAAGCATG > 1/1141036‑1141526 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |