| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,140,936 | G→A | S235L (TCA→TTA) | unknown ← | Minor pilin of type IV secretion complex, VirB5 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,140,936 | 0 | G | A | 100.0% | 123.7 / NA | 47 | S235L (TCA→TTA) | unknown | Minor pilin of type IV secretion complex, VirB5 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (25/22); total (25/22) | |||||||||||
GTCGAATACTTGCTTGTGCTTTATTTGCGTTTCGACAATTAGAATTTGCCATCAGCGGTTCGGCTTTTTTCTCACATTCTTCTAACATTTTTTGACGTTCAGTCGTATGTTCTTTGTAATACTCCACACTTTTAACTTCTTCTGAACAAGCACTTAAAGTTAATATAAATAATGCGATAAAAAGTTTTTTCATCTTTTACTCCGTATTAATTGAATATAACGCCCTTAACGTTTGAGCGACGTTGAGACGCTAACTGTTTTTGTTGCTCATTCATTAAGCGTCGGTATTCCGTTTGCCGTGCGTTGAATAAATCCAACTGGACTTTTTGTGATTGCAATGCGGCCAACTGCACGTCCATTGCATTTTTTAAGTCCTGGCTTTCTTTTACATCGTTTGATTTCGCCATACGATTAGCTAACTTATCAATTGCTTTAAGTTTGCTATTGACATTACTTTCAAACGAATCTAAGAAG > 1/1140702‑1141175 | gTCGAATACTTGCTTGTGCTTTATTTGCATTACTACAATTGGAGTTTGCCATTAATGGCTCCGCTTTTTTCTCACATTTTTCTAACATTTTTTGACGTTCAGTCGTATGTTCTTTGTAATACTCTACGCTTTTAACCTCTTCTGAACAGGCACTTAAAGTGAATATAAATAATGCGATAAAAAGTTTTTTCATCTTTTACTCCATATTAGTTGAATATAACGCCCTTAACGTTTAAGCGACGTTGAGACg > 1:800828/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |