| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,137,328 | C→G | A174A (GCG→GCC) | unknown ← | Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,137,328 | 0 | C | G | 100.0% | 209.8 / NA | 73 | A174A (GCG→GCC) | unknown | Inner membrane protein of type IV secretion of T‑DNA complex, TonB‑like, VirB10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (32/41); total (32/41) | |||||||||||
ACGGATTTCACTCCAGACTACAAATAAACGTTCTTCGCCTTGCTGAATCTGACCGCTACGGAACTCACCGAACACGGTAGAGCCTTTTTCAATCAGTAGTACCGTGCCGTTTGCACTATATACATCGTTTGCCACAACGCAGCCGAGATTGCCGGCCACGGTGGAAACAAGTTTTGTGCGTAAGGAACACTGAATAAAAGTGCCTTTTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGCGCTTTACCCGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAACATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGATTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATTTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGGGGGGCGGATGGAATATCTAACGCCTCTGTCGTACTATGATTTTCTACTGGAGCGGTTGCGGTAGGAATTGGTTGT > 1/1137085‑1137571 | aatcaatatcccgcgcaacaaaaatccctactaaatccccctggttcttataaagcgtaggcggaatattaatggttttctccaggatactttgtgcaatttcagagccggcttgtaccgtatcagtcggattaaatgtcccccgtttggctaattgagtagataatgcactggttgaatcggtgatcatgcttaacatgatggcattGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTa > 1:55230‑M2/209‑250 (MQ=255) 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acatgatggcattGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGTCgtt > 1:824851‑M2/14‑249 (MQ=255) acatgatggcattGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGGTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGt < 1:438377‑M2/233‑1 (MQ=255) catgatggcattGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTAc < 1:505888‑M2/113‑1 (MQ=255) catgatggcattGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGgag < 1:119367‑M2/184‑1 (MQ=255) 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1:850764/248‑1 (MQ=255) aaaTTGGCATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGTCGTTCTATGa < 1:60336/234‑1 (MQ=255) cATTGACCGGGAGTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGTCGTTCTATGATTTTCTACTGGAGCGGTTGCGGt < 1:875313/250‑1 (MQ=255) gTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGTCGTTCTATGATTTTCTACTGGAGCGGTTGCGGTAGGCATTGGTtgt > 1:726828/1‑251 (MQ=255) gTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAACGCCTCTGTCGTTCTATGATTTTCTACTGGAGCGGTTGCGGTAGGCATTGGTtgg > 1:565268/1‑250 (MQ=255) gTTTATGGGCTTTACCTGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAATATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGGTTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATCTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGTGGGGCGGATGGCATATCTAAAGCCTCTGTCGTTCTATGATTTTCTACTGGAGCGGTTTCGGTAggc > 1:46284/1‑241 (MQ=255) | ACGGATTTCACTCCAGACTACAAATAAACGTTCTTCGCCTTGCTGAATCTGACCGCTACGGAACTCACCGAACACGGTAGAGCCTTTTTCAATCAGTAGTACCGTGCCGTTTGCACTATATACATCGTTTGCCACAACGCAGCCGAGATTGCCGGCCACGGTGGAAACAAGTTTTGTGCGTAAGGAACACTGAATAAAAGTGCCTTTTGCCAACAGTAAATTGGCATTGACCGGGAGTTTATGCGCTTTACCCGCTTTAAACGTACTGACGTTATCTTCAAACATATCGCCTTTTGCCGGTTCCGGTGGTTGATTAGTTACCGTGTCAGTTGTATCTGTATTCTGAACATTTGAAACGGCTTGTAACGTTTCGCCATCGATAGTACCCGGAGACAATCCTTTGATTAAACGGGGGGCGGATGGAATATCTAACGCCTCTGTCGTACTATGATTTTCTACTGGAGCGGTTGCGGTAGGAATTGGTTGT > 1/1137085‑1137571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |