| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,136,623 | G→A | R35R (CGC→CGT) | unknown ← | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,136,623 | 0 | G | A | 98.8% | 223.3 / NA | 82 | R35R (CGC→CGT) | unknown | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (48/32); total (49/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCGCCGTTCGGTAATACCGCAGATAAAATTGGTTTGGTATCACTGATATAATCCCCGCGATACTTGGCTAACGCCCGAGCAAAAGAATCACATAAATCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACGCCTTTTTTTTCAAAGAAAATTTCACCGGGGCGATTAATCGCAATTTTTGTAATGGCTTCGTCTTCGAGCAATTCTCCGAATAATTTATTGGCATGAAGTAAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGACCATTATTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTACACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCCACTAAATCCCCTTGGTTCTTATAAAGCGTAGGGGGAATATTAATGGTTTTCTCTAA > 1/1136379‑1136856 | aaaaaGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCCCCGGTCGGTAATACCGCAGATAAAATCGGTTTAGTATCACTGATATAATCCCCCCGATACTTGGCTAACGCCCTAGCAAAAAAATCACATAAATCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCCTACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTa > 1:148260/1‑251 (MQ=255) 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1:537220/1‑250 (MQ=255) aaTCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATc < 1:323103/154‑1 (MQ=255) aTCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCctacta > 1:121113/1‑251 (MQ=255) aTAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAAt < 1:219832/251‑1 (MQ=255) aGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATggc > 1:37971/1‑163 (MQ=255) gTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATccc > 1:856679/1‑250 (MQ=255) gTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGCTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATTCCTACTAAATccc > 1:204033/1‑250 (MQ=255) cGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTc < 1:224892/250‑1 (MQ=255) 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1:715239/1‑251 (MQ=255) aaGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAATCCCCCTGGTTCTTATAAAGCGTAGGCGGAATATTAATGGTTTtctccag > 1:631127/1‑248 (MQ=255) | AAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCGCCGTTCGGTAATACCGCAGATAAAATTGGTTTGGTATCACTGATATAATCCCCGCGATACTTGGCTAACGCCCGAGCAAAAGAATCACATAAATCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACGCCTTTTTTTTCAAAGAAAATTTCACCGGGGCGATTAATCGCAATTTTTGTAATGGCTTCGTCTTCGAGCAATTCTCCGAATAATTTATTGGCATGAAGTAAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGACCATTATTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTACACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCCACTAAATCCCCTTGGTTCTTATAAAGCGTAGGGGGAATATTAATGGTTTTCTCTAA > 1/1136379‑1136856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |