| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,136,601 | T→G | K43Q (AAA→CAA) | unknown ← | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,136,601 | 0 | T | G | 98.8% | 222.4 / NA | 84 | K43Q (AAA→CAA) | unknown | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (49/34); total (50/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATAATCCAGGTCAAAAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCGCCGTTCGGTAATACCGCAGATAAAATTGGTTTGGTATCACTGATATAATCCCCGCGATACTTGGCTAACGCCCGAGCAAAAGAATCACATAAATCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACGCCTTTTTTTTCAAAGAAAATTTCACCGGGGCGATTAATCGCAATTTTTGTAATGGCTTCGTCTTCGAGCAATTCTCCGAATAATTTATTGGCATGAAGTAAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGACCATTATTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTACACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCCACTAAATCCCCTTGGTTCTTATAAAGCGTAGGGGGAATATTAAT > 1/1136364‑1136844 | aataatCCAGGTCAAAAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCGCCGGTCGGTAATACCGCAGATAAAATCGGTTTAGTATCACTGATATAATCCCCACGATACTTGGCTAACGCCCTAGCAAAAGAATCACATAAATCATAAATAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTTAAAGAAAAtt > 1:667276/1‑251 (MQ=255) 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1:537220/1‑250 (MQ=255) aaTCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATc < 1:323103/154‑1 (MQ=255) aTCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCctacta > 1:121113/1‑251 (MQ=255) aTAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGGCCATGGTTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTATACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCTACTAAAt < 1:219832/251‑1 (MQ=255) aGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACACCTTTTTGTTCAAAGAAAATTTCACCGGGACGATTAATCGCAATTTCTGTAATGGCTTCGCCTTCGAGCAATTTTCCGAATAATTTATTGGCATGGAGTGAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATggc > 1:37971/1‑163 (MQ=255) 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1:715239/1‑251 (MQ=255) | AATAATCCAGGTCAAAAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCGCCGTTCGGTAATACCGCAGATAAAATTGGTTTGGTATCACTGATATAATCCCCGCGATACTTGGCTAACGCCCGAGCAAAAGAATCACATAAATCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACGCCTTTTTTTTCAAAGAAAATTTCACCGGGGCGATTAATCGCAATTTTTGTAATGGCTTCGTCTTCGAGCAATTCTCCGAATAATTTATTGGCATGAAGTAAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGACCATTATTTATACCTCCTATTTCTGTTTCAATTCGTACACATCGCCAAAATCAATATCCCGCGCAACAAAAATCCCCACTAAATCCCCTTGGTTCTTATAAAGCGTAGGGGGAATATTAAT > 1/1136364‑1136844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |