| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 1,136,494 | G→A | T78T (ACC→ACT) | unknown ← | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 1,136,494 | 0 | G | A | 92.9% | 155.2 / ‑3.7 | 70 | T78T (ACC→ACT) | unknown | ATPase required for both assembly of type IV secretion complex and secretion of T‑DNA complex, VirB11 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (28/37); minor base T (5/0); total (33/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTTAAGAAATTCCGCATAATCGCCCTTATGATAAATTTCCAGTAGTGTCCGGTCATCATCTGACAAACGATTTTCCGTCTTGATAACACGACTAAAAAAGCCGTTGTTGATGTAATAATCCAGGTCAAAAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCGCCGTTCGGTAATACCGCAGATAAAATTGGTTTGGTATCACTGATATAATCCCCGCGATACTTGGCTAACGCCCGAGCAAAAGAATCACATAAATCATAAGTAATATGCGGAGCGTCTTGATAATGCCATACGCCTTTTTTTTCAAAGAAAATTTCACCGGGGCGATTAATCGCAATTTTTGTAATGGCTTCGTCTTCGAGCAATTCTCCGAATAATTTATTGGCATGAAGTAAAATTGATACATCGCCGGAAGAGTTTATGACCATTATTTATAC > 1/1136249‑1136736 | tGTTTAAGGAATTCCGCATAATCACCCTTATGATAAATTTCCAGTAGTGTCCAGTCATCATCTGACAAACGATTTTCCGTCTTGATAACACGACTAAAAAAGCCGTTGTTGATGTAATAATCCAGGTCAAAAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCGCCGGTCGGGAATACCGCAGATAAAATCGGTTTAGTAt > 1:619725/1‑250 (MQ=255) 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(MQ=255) gTCATCATCTGACAAACGATTTTCCGTCTTGATAACACGACTAAAAAAGCCGTTGTTGATGTAATAATCCAGGTCAAAAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGGAGAATAAATTTTGTCCGCTCGCCGGTCGGTAATACCGCAGATAAAAACGGTTTAGTATCACTGATATAATCCCCACGATACTTGGCt > 1:136030/1‑226 (MQ=255) gACAAACGATTTTCCGTCTTGATAACACGACTAAAAAAGCCGTTGTTGATGTAATAATCCAGGTCAAAAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTGGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCGCCGGTCGGTAATACCGCAGATAAAATCGGTTTAGTATCACTGATATAATCCCCACGATACTTGGCTAACGCCCTAGCAAAAGa < 1:26571/233‑1 (MQ=255) ttttCCGTCTTGATAACACGACTAAAAAAGCCGTTGTTGATGTAATAATCCAGGTCAAAAAAAGACTTATTCGGTTTTCGCACCGTAATACTGATGGTTTCCCGTTCACTAGCGGGCGGAAGAATAATCTGTGTCCGCTCGCCGGTCGGTAATACCGCAGATAAAATCGGTTTAGTATCACTGATATAATCCCCACGATACTTGGCTAACGCCCTAGCAAAAGAATCACATAAATCATAAGTAATATGCgg < 1:260284/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |