| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | 1 | 133,080 | T→C | H166R (CAT→CGT) | unknown ← | Type IV fimbrial assembly, ATPase PilB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | 1 | 133,080 | 0 | T | C | 100.0% | 214.8 / NA | 82 | H166R (CAT→CGT) | unknown | Type IV fimbrial assembly, ATPase PilB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (49/33); total (49/33) | |||||||||||
CGCTGTTGCTGTGATTCCGTCATGCCCAGTTCACCGAATGCCAGTTGCACGGGACGATTTTGTTGCAAACGCAGGACCGCTTTTTCACCGAATTGGGTGGCAAGGGTGGAAAGGCGAAAATCCAGCGTGTCGGAAAACGTCGTTTTAAACTGAAAGCGTCCGTCTTGCGGCAGGCGGGTTTCGCTAATATCCAGTTTTGCCAATAATTTTAAACGAGAAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAATGGTGTTTTGCACCTGCAGCACG‑‑GTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCGGTTGATTTTCTTCGACTTTTTCGACGCGCGGGGATAAATCCTGCAATGCGG > 1/132833‑133317 | cGCTGTTGCTGTGATTCCGTCATGCCCAGTTCACCGAATGCCAGTTGCACGGGACGATTTTGTTGCAAACGCAGGACCGCTTTTTCACCGAATTGGGTGGCAAGGGTGGAAAGGCGAAAATCCAGCGTGTCGGAAAACGTCGTTTTAAACTGAAAGCGTCCGTCTTGCGGCAGGCGGGTTTCGCTAATACCCAGTTTTGCCAATAATTTTAAACGAGAAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGgt < 1:294502/251‑1 (MQ=255) 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1:289217/212‑1 (MQ=255) cTAATATCCAGTTTTGCCAATAATTTTAAACGAGAAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAagag < 1:42089/251‑1 (MQ=255) atatCCAGTTTTGCCAATAATTTTAAACGAGAAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCgg > 1:14536/1‑251 (MQ=255) atatCCAGTTTTGCCAATAATTTTAAACGAGAAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCgg > 1:872799/1‑251 (MQ=255) atCCAGTTTTGCCAATAATTTTAAACGAGAAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGAc > 1:861044/1‑229 (MQ=255) atCCAGTTTTGCCAATAATTTTAAACGAGAAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGAc > 1:820412/1‑229 (MQ=255) cGAGAAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTcc > 1:190687/1‑198 (MQ=255) agaAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAg > 1:7005/1‑115 (MQ=255) tCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCGGTTGATTTTCTTCGACTTTTTCGACGCGCGGGGATAAAt < 1:205118/251‑1 (MQ=255) tCGGCTCGCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCGGTTGATTTTCTTCGACTTTTTCGACGCGCGGGGATAAAt < 1:524904/251‑1 (MQ=255) gCTATGGATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCGGTTGATTTTCTTCGACTTTTTCGACGCGCGGGGATAAATCCTGCaa > 1:720149/1‑251 (MQ=255) 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1:554505/1‑87 (MQ=255) ggATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCt > 1:837859/1‑170 (MQ=255) ggATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCtgtg > 1:165094/1‑179 (MQ=255) ggATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCGGTTGATTTTCTTCGACTTTTTCGACGCGCGGGGATAAAt < 1:752624/239‑1 (MQ=255) ggATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCGGTTGATTTTCTTCGACTTTTTCGACGCGCGGGGATAAAt > 1:223848/1‑239 (MQ=255) 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ggATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCGGTTGATTTTCTTCGACTTTTTCGACGCGCGGGGATAAATCCTGCAATGCgg > 1:691023/1‑251 (MQ=255) gATAAGGGAACGGTGTTTTGCACCTGCAGCACGCCGTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTcc > 1:154367/1‑174 (MQ=255) | CGCTGTTGCTGTGATTCCGTCATGCCCAGTTCACCGAATGCCAGTTGCACGGGACGATTTTGTTGCAAACGCAGGACCGCTTTTTCACCGAATTGGGTGGCAAGGGTGGAAAGGCGAAAATCCAGCGTGTCGGAAAACGTCGTTTTAAACTGAAAGCGTCCGTCTTGCGGCAGGCGGGTTTCGCTAATATCCAGTTTTGCCAATAATTTTAAACGAGAAATCAGTCGGCTCGCTATGGATAAGGGAATGGTGTTTTGCACCTGCAGCACG‑‑GTCAATGCGAAAACGGGTTTGCAGGCAGTCTGCTTGCGGTTCCAGATGAATATCGGAGGCTTTTTGTGCCGTCGCGCTTTCAAAAATATCATTTAACAGCCGAATAATCGGTTCGTCATACGGTTGTGTCGGCTGTTCCTGTGACAGTGCGGAATAAAAGAGCGGTTGATTTTCTTCGACTTTTTCGACGCGCGGGGATAAATCCTGCAATGCGG > 1/132833‑133317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |