Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	1	1,134,128	G→A	N523N (AAC→AAT)	unknown ←	Type IV secretion system protein VirD4

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	1	1,134,128	0	G	A	100.0%	126.5 / NA	48	N523N (AAC→AAT)	unknown	Type IV secretion system protein VirD4
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (30/18);  total (30/18)

TGGTCGGCATAAGGATCGTTGTAGTACACCGCCTTATTACACAGTATCGGTTTACTGTTGTTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCTCCGATTAGTCTAAATTCCTGTGGTAAAAGCAACGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGACGTTTTTCCGCGACTATGGCTTAATTTATCTACAGTACGATTGCCCAGCACTTTTGAATATTCTTCCGCGTCCTCCTGATTGTCGGGGGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCTTTAGCACCATCTTTACCG  >  1/1134069‑1134365                                                            |                                                                                                                                                                                                                                              tctataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAAt                                                <  1:420535/243‑1 (MQ=255)  ctataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                                                  <  1:200735/177‑1 (MQ=255)    ataaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAat                                                                                        <  1:659792/203‑1 (MQ=255)     taaaaTAAGGATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGttttacct                                                                                                                                         >  1:114465/5‑154 (MQ=255)             ggATCGTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGat                                    >  1:769815/1‑251 (MQ=255)                  gTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat                               >  1:530609/1‑251 (MQ=255)                  gTTGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat                               >  1:848076/1‑251 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATAc                                                                                                                                                             >  1:760081/1‑124 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTAt                                                                                                                                  <  1:185440/151‑1 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                                                  <  1:790102/167‑1 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATAttcttctg                                                                               <  1:464836/202‑3 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTggtt                                                                  >  1:684656/1‑212 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAg                                                   >  1:858786/1‑230 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat                               >  1:749766/1‑250 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat                               >  1:718894/1‑250 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat                               >  1:103576/1‑250 (MQ=255)                   ttGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGAtattat                               >  1:37047/1‑250 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc                             <  1:197858/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc                             <  1:624122/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc                             <  1:155298/251‑1 (MQ=255)                    tGTAATACACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATcc                             <  1:369443/251‑1 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTGCCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAAt                                                <  1:287737/227‑1 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                                                  >  1:795909/5‑165 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTgg                                                                    <  1:79394/207‑2 (MQ=255)                     gtaataCACTGCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCa                            >  1:371636/5‑251 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGTGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAatat                                                                                      <  1:514593/183‑1 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCtt                                                                                                                             >  1:734341/1‑144 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                                                  >  1:491100/1‑155 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTAc                                                                                                                  <  1:308318/155‑1 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGAt                        >  1:894013/1‑245 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCttt                  >  1:48082/1‑251 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCttt                  >  1:569444/1‑251 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCttt                  >  1:575570/1‑251 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCttt                  >  1:286263/1‑251 (MQ=255)                               gCCTTATTACATATAATCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAACACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCttt                  >  1:451822/1‑251 (MQ=255)                                    attacatataaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCTTTAGCa              >  1:309138/11‑250 (MQ=255)                                    attacatataaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCTTTAGCa              >  1:371289/11‑250 (MQ=255)                                    attacatataaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTATGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCTTTAGCa              >  1:486228/11‑250 (MQ=255)                                    attacatataaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGAAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGCTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCTTTAGCa              >  1:424435/11‑250 (MQ=255)                                       acatataaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTAttt                                                                                                                    <  1:378397/138‑3 (MQ=255)                                       acatataaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCatat                                                     >  1:894996/8‑208 (MQ=255)                                        catataaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCtg                                                                                                                                                                                                >  1:395785/7‑68 (MQ=255)                                        catataaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACttt                                                                                             <  1:595757/161‑1 (MQ=255)                                        catataaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAat                                                                                        >  1:500270/7‑172 (MQ=255)                                            taaTCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTAttt                                                                                                                    >  1:23303/3‑138 (MQ=255)                                               tCGGTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCTTTAGCACCATCTTTACCg  <  1:314932/251‑1 (MQ=255)                                                  gTTTGCTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTAc                                           <  1:7716/207‑1 (MQ=255)                                                      gcTGTTATTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCGCCGATTAATCTAAACTCCTGCGGTAAAAGTAATGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGATGTTTTACCTCGACTATGGCTTAATTTATTTACAGTGCGATTACCTAGCACTTTAGAATATTCTTCTGCGTCCTCCTGGTTGTCGGGTGCATATAGAATTTTACAGGCg                                      >  1:254296/2‑208 (MQ=255)                                                            |                                                                                                                                                                                                                                              TGGTCGGCATAAGGATCGTTGTAGTACACCGCCTTATTACACAGTATCGGTTTACTGTTGTTTAACATCACCACTTCTTTAAATTCTCCGATTAGTCTAAATTCCTGTGGTAAAAGCAACGGTCGCCCATGGTCGGTAATACTGTGACTGGACGTTTTTCCGCGACTATGGCTTAATTTATCTACAGTACGATTGCCCAGCACTTTTGAATATTCTTCCGCGTCCTCCTGATTGTCGGGGGCATATAGAATTTTACAGGCGATATTATCCAGGATAGCTTTAGCACCATCTTTACCG  >  1/1134069‑1134365

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑